苦瓜（Momordica charantia．L）是葫芦科苦瓜属的一年生蔓生植物，雌雄同株。苦瓜在全国广泛栽培，是一种重要的蔬菜，而且具有药用价值。目前，分子标记被广泛应用于植物的亲缘关系分析、种质鉴定、遗传图谱构建、目标基因定位、辅助育种等各个方面，但在苦瓜方面的应用较少。本试验采用随机扩增多态性DNA（Random Amplified Polymorphism DNA，RAPD）技术和简单重复间序列标记（inter-simple sequence repeat，ISSR）技术，研究与苦瓜性别连锁的分子标记。研究结果如下：1．用CTAB改良方法可以快速提取苦瓜基因组DNA，其浓度和纯度达到了RAPD和ISSR分子标记试验的要求。2．优化苦瓜RAPD体系，从200条随机引物中筛选出8条可能与性别连锁的RAPD标记。利用全雌、强雌和强雄个体进行验证，发现引物S30所扩增的约550bp的谱带和S66所扩增的约450bp的谱带在所有的全雌性个体都出现，而在所有强雌和强雄个体中都不出现，初步表明这两条是与雌性紧密连锁的RAPD分子标记。3．把RAPD雌性特异条带S30₅₅₀克隆转化为特异稳定的SCAR标记SR₅₅₀，说明S30₅₅₀与苦瓜雌性基因连锁。4．利用ISSR技术进行苦瓜性别的研究，建立苦瓜ISSR-PCR反应体系，得到清晰的ISSR指纹图谱。5．从100条ISSR引物中筛选出7条可能与性别连锁的ISSR标记。利用全雌、强雌和强雄个体进行验证，发现引物807所扩增的约400bp的谱带、809所扩增的约900bp的谱带和810扩增的约1400bp的谱带在所有的全雌性个体都出现，而在所有强雌和强雄个体中都不出现，初步表明这可能是三条与雌性紧密连锁的ISSR分子标记。