华贵栉孔扇贝Chlamysnobilis(Reeve)为暖水性贝类，栖息于低潮线以下至浅海的水清流急的岩礁、碎石块及沙砾较多的海底，以足丝附着于岩礁石块或砂砾碎壳上，营固着生活。自然分布于日本的本州岛、四国岛、九州岛、中国的南海、泰国及印度尼西亚等地。长期以来都是我国南方的主要经济贝种。其养殖区域主要分布在福建、广东、广西和海南四个沿海省份。华贵栉孔扇贝人工养殖于1970s兴起于福建。但在近几年间，扇贝的养殖状况十分混乱，没有人清楚亲本和苗种的来源。所以，对华贵栉孔扇贝不同地理群体的苗种遗传结构进行调查和评估是迫切需要的。华贵栉孔扇贝贝壳表面颜色多变，壳面呈浅紫褐色、淡红色、黄褐色或枣红云状斑纹等。而壳色性状与水产养殖中的经济效益是密切相关的。但是在养殖中依然缺乏拥有优质性状的稳定品种。因此，进行华贵栉孔扇贝的苗种驯化、种质优化和遗传改良的工作任务仍然十分艰巨。　　 论文利用长度为486bp的16SrRNA基因序列和长度为481bp的COI基因序列分析了华贵栉孔扇贝不同地理群体间的遗传差异和地理结构。采集的华贵栉孔扇贝样品包括五个养殖群体和两个野生群体。养殖群体样品分别采集于福建(FJ)漳浦，广西(GX)北海，湛江(ZJ)流沙，深圳(DW)大亚湾和海南(HN)陵水。野生群体样品分别品采自广西(GY)北海和深圳(DY)大亚湾。泰国群体(TH)16SrRNA基因数据由GenBank数据库获得。在16SrRNA基因的全部个体中共检测到24个多态位点，单倍型个数为27。在COI基因的全部个体中共检测到60个多态位点，单倍型个数为39。单倍型分布频率和分子变异的分析数据指出，华贵栉孔扇贝不同地理群体间具有明显的地理结构。在COI基因和合并序列数据中，遗传差异主要集中在群体内部(COI:78.7％，合并序列：78.5％)。在16SrRNA数据中，群体内部的遗传差异少于37.0％。在不同的地理群体间，16SrRNA基因、COI基因和合并序列数据的遗传差异分别为4.3％、26.1％和23，4％。与中国群体比较，8个群体中泰国群体的16SrRNA基因数据明显高于中国群体，说明泰国群体的遗传多样性要高于中国群体。由此为从国外引种以优化华贵栉孔扇贝国内养殖群体遗传结构提供了理论基础。在研究中我们发现，华贵栉孔扇贝野生群体的基因差异(Hd)水平在3组数据中都要高于养殖群体。并且研究数据指出，南中国海的华贵栉孔扇贝养殖群体的遗传组成明显受到人工繁殖的影响。此外，我们还初步确定中国养殖群体是源自福建群体。　　 论文还同时利用373个AFLP和9个微卫星标记，采用拟测交策略分别构建了华贵栉孔扇贝父本和母本的遗传连锁图谱。雌性华贵栉孔扇贝连锁图共有117个标记(115个AFLP标记，2个微卫星标记)，连锁图长度为1698.6cM，平均标记间隔16.8cM。雄性连锁图共有108个标记(106个AFLP标记，2个微卫星标记)，连锁图长度为1519.0cM，平均标记间隔16.5cM。两图的连锁群数均为16个，与华贵栉孔扇贝染色体单倍型数一致。雌性亲本和雄性亲本的基因组估计遗传长度分别为2235.1cM和2053.5cM。雌性亲本和雄性亲本的遗传图谱观测覆盖率分别为76.0％和74.0％。如果将三联体和双联体计算在内，雌性遗传连锁图和雄性遗传连锁图的基因组覆盖率将分别提升至89.6％和90.8％，总长度分别为2002.1cM和1864.2cM。华贵栉孔扇贝遗传连锁框架图的构建，为今后构建高分辨率遗传连锁图和定位与经济性状连锁的基因打下了基础。　　 结合AFLP分子标记技术与壳色表型分离分析，发现AFLP标记B1f176片段在作图家系中，只在橙黄色亲本和橙黄色子代中出现，并在紫色子代中无扩增，说明这一等位基因可能与华贵栉孔扇贝壳色基因完全连锁。由于AFLP不利于在生产实验中大面积应用，我们将B1f176标记转化为单位点标记(SCAR)，并命名为SCAROrange-142。在作图家系和检测群体中，Orange-142标记在特定扩增条件下只在壳色为橙黄的个体中有清晰可辨的扩增条带，而在壳色为紫色的个体中没有扩增产物。这一结果表明Orange-142标记与壳色性状的完全连锁关系。为了研究壳色的遗传规律，我们共构建了10个华贵栉孔扇贝F2代家系用于壳色性状遗传分析。除了OO2家系的x2tst(0.025)稍微偏离了期望分离比例3:1外，其他所有家系的子代性状分布频率都与期望分离比例相一致。我们的研究结果表明，华贵栉孔扇贝的壳色性状是受遗传控制的。壳色性状遗传模式符合单位点一双等位基因系统，其中紫色为隐性性状。我们的研究首次提出了华贵栉孔扇贝壳色遗传的遗传基础。此外，还更深入地阐明了与华贵栉孔扇贝壳色遗传相关联的分子多态特征。并且为在华贵栉孔扇贝种质优化工作中，应用标记辅助育种技术(MAS)打下了一定的基础。