内蒙古绒山羊是一种非常宝贵的种质遗传资源,具有极高的经济价值,而毛囊的生长发育对绒毛的产量和品质有重要影响。本研究采用Illumina Hiseq2000对绒山羊毛囊生长周期中4个时期的皮肤样品进行RNA-Seq测序,得到大量可信的SNP数据。并挑选了与毛囊生长发育相关基因的SNP位点,对384只内蒙古绒山羊进行基因分型,将分型结果与个体绒毛性状数据进行关联分析,发掘与绒毛性状相关的分子标记。主要结果如下:(1)本研究采用illumina双端测序,对4个时期绒山羊皮肤转录组进行测序,共获得19G数据,平均每个样品4.7G,SNP总数为56231,存在于10057个基因上,含有1个SNP的基因最多,含小于10个SNP的基因占全部表达基因的93.6%;读数深度在10×到50×之间的SNP占SNP总数的57.2%;平均最小等位基因频率为0.18;(2)对含有SNP的基因进行生物信息学分析,结果显示,9392个含有SNP的基因被GO term注释,从生物过程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和细胞组分(Cellular Component)三个方面阐述了基因的表达特征;2381个基因注释到304条KEGG信号/代谢通路上,其中包括已报道的和毛囊生长发育相关的Wnt,TGF-beta和NF-κB信号通路,表达量较高的前200个基因主要在PI3K-Akt等10个信号通路中富集;(3)Sanger测序验证RNA-seq检出SNP的准确性达64%;(4)筛选46个含SNP的候选基因,设计引物,进行目的片段扩增,运用MassARRAY Sequenom质谱法检测SNP,对384个有表型数据记录的内蒙古绒山羊个体进行SNP分型,并将分型结果与个体表型数据进行关联分析。结果表明,TGFβ-2在-19657723(T/C)碱基突变对毛长度性状有显著影响,KRT4在-26375016(C/A)碱基突变对绒细度和绒长度性状有显著影响。其他基因突变位点与毛长、绒细、产绒量等性状影响差异都不显著。