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目的分析肠道病毒(EV)在儿童手足口病及下呼吸道感染疾病中的感染状况及血清型特征,并探讨实时PCR方法在临床标本中的诊断价值,为临床诊断和治疗提供参考。方法1.研究对象2009年4月至9月,首都儿科研究所附属儿童医院感染科门诊诊断的手足口病患儿。采集患儿咽拭子和疱疹液及血清,用实时RT-PCR方法同时检测肠道病毒通用型(EV)、柯萨奇A16型(CA16)、肠道病毒71型(EV71)；用ELISA方法对留取的双份血清标本同时检测柯萨奇A16型、肠道病毒71型IgM抗体,结果与实时RT-PCR法结果进行比较分析。选取CA16、EV71阳性标本进行VP1区基因片段扩增,电泳鉴定后测序,与Genbank进行blast比对,并利用生物分析软件进行进化分析。2.研究对象2008年6月至2009年9月,首都儿科研究所附属儿童医院呼吸病房收治的下呼吸道感染患儿。采集患儿静脉血分离血清,呼吸道标本,ELISA方法检测血清EV IgM,实时RT-PCR方法检测呼吸道标本。与其他下呼吸道感染相关的病原进行比较分析。对RT-PCR阳性标本进行VP4区扩增测序,部分标本进行5‘非编码区的扩增测序,结果与Genbank进行blast比对,确定EV血清型。结果1.174例手足口病患儿中EV阳性167例, CA16阳性率67.1%(112/167),EV71阳性率27.5%(46/167)。CA16：EV71为2.43：1。131例患儿采集到双份静脉血,第一次血清CA16型IgM抗体阳性38.9%(51/131),二次血清阳性74.8%(98/131)：第一次血清EV71型IgM抗体阳性19.1%(25/131),二次血清阳性24.4%(32/131)。第一次血清结果与实时RT-PCR结果进行比对, CA16、EV71一致性检验Kappa值0.353、0.735；二次血清结果与实时RT-PCR结果比对, CA16、EV71一致性检验Kappa值0.830、0.898。实时RT-PCR法结果与二次血清检测IgM结果一致性很好。测序结果：CA16阳性标本病毒株同源性88.7%-98.5%,与13株B基因组参比序列核苷酸同源性88.1%-96.4%。EV71标本病毒株核苷酸同源性95.8%-98%,属C4亚型；与C4亚型参比序列核苷酸同源性96.5%-98.2%；与C4亚型以外的其他基因型及亚型的同源性81.9%-90%。2.402例下呼吸道感染患儿,血清EV-IgM抗体阳性21.1%(85/402),柯萨奇病毒74例,埃可病毒56例,其中45例患儿血清同时检测到上述两种病毒IgM抗体。2008年6月-2009年9月的15个月均检测到EV-IgM抗体,2008年12月阳性率最低,2008年7月阳性率最高。学龄儿童阳性率相对较高。85例EV阳性患儿中62例伴MP感染,10例伴常见呼吸道病毒感染。呼吸道标本实时RT-PCR法检出EV阳性15例,阳性率3.7%(15/402)。阳性标本测序结果通过blast比对,确定EV血清型包括EV68 3例,ECH030 3例,CVB2 2例,EV71、CVA3、CVA9、CVB1和CVB3各1例。与肺炎相关血清型有EV71、CVA3、CVA9、ECH030、EV68、CVB1；与支气管炎相关血清型ECH030、CVB2、CVB3。结论1.2009年夏季儿童手足口病病原以CA16和EV71为主。EV71阳性率较之前报道有所上升,以C4亚型为主。对于手足口病,实时RT-PCR法较血清学检测特异性IgM抗体更适于疾病早期诊断。2.下呼吸道感染患儿血清EV-IgM抗体全年均可检测到,近年与下呼吸道感染相关的EV有柯萨奇病毒、EV68、EV71和ECH030等血清型。对于下呼吸道感染的EV诊断应综合考虑。