近年来，十足类甲壳动物的系统发生关系已逐渐明朗，尤其是对爬行类系统树中基部类群与顶端类群的看法已达成共识，但中间类群的分支关系尚存在异议。另外，对淡水蟹类起源问题的探讨迄今仍局限于形态学方面的研究，分子数据等其他研究手段的运用，对促进这一问题的解决将起到一定的作用。本研究利用长江华溪蟹线粒体DNA同一编码链上连续排列的蛋白质编码基因COXJ0，atp6和atp8基因的DNA序列数据，与己公布线粒体全基因组序列的十足类类群合并分析，通过MP、ML和Bayesian推断来进行系统发生推导。结果提示，在十足类内部，无螯虾类(Acheleta)是小尾类(Meiura)的姐妹群，螯虾类(Astacidea)位于真爬行类的基部位置。该结果为无螯虾类．小尾类姐妹群关系的推测提供了分子证据。在短尾类内部，溪蟹与扇蟹互为姐妹群，方蟹与它们构成姐妹群关系。结合化石证据与分子歧异时间，推测溪蟹类很可能是从与扇蟹类更为接近的海洋祖先演化而来。 依据当前的形态学分类系统，亚洲的厚蟹类被重新划分成3个亚属，Helice，Helicana和一个新提出的亚属Pseudohelice。目前，有关亚洲厚蟹类物种间的系统发生关系尚缺乏了解；本文利用来自一个线粒体基因块[16s rDNA-trnL<,1>-IGS-nadl]的DNA序列数据，并参考分别来自东非和新西兰的2种厚蟹的16SrDNA相应序列，通过MP、ML和Bayesian推断来进行系统发生分析。分子系统学分析结果，为亚洲厚蟹类物种间形成的Helicana-Helice两分支关系提供了独立的支持。此外，本研究基于16S序列数据，从P.subquadrata中检测到该物种存在异质性。该结果提示：形态种p.subquadrata很可能是一个复合种，其中分布于中国南部的亚洲物种表现出与Helice属物种间密切的系统关系。综合形态学特征与分子数据的比较分析，可以初步认为，采于江苏沿海的近似伍氏厚蟹的标本很可能是曾被废除的沈氏厚蟹，该物种应归隶于．Helicana亚属，恢复后的物种名应为：Helice(Helicana)sheni。厚蟹属(Helice)和张口蟹属(Chasmagnathus)最初是根据甲壳前侧缘的特征区分的，但这一特征区分并不明显。Sakai et aI.(2006)对厚蟹和张口蟹进行形态学研究，提示这两个类群形成了张口/厚蟹复合属。本研究采用了一个张口蟹种、亚洲厚蟹属的8个种，使用的线粒体基因序列为[16s rDNA-trnL力序列，张口蟹与厚蟹类群的trnLs基因序列完全一致，基于16S的系统发生分析结果提示张口蟹与厚蟹类形成单系群，张口蟹与helicana类群关系更近，该结果为张口/厚蟹复合属的推测提供了分子证据。