生物信息学是一门综合利用生物学、计算机科学、数学等学科知识的新兴交叉学科。RNA序列比对是生物信息学研究的重要课题,特别是包含二级和三级结构的比对。由于RNA序列数据量大,折叠的结构非常复杂,造成序列的比对是一个复杂度高而又很难有实际检验的过程,其中RNA三级结构比对是NP-hard问题。如何提高序列比对的速度,以及解决三级结构比对问题是本课题研究的重点。本文在深入分析现有比对算法及其实现软件的基础上,利用RNA二级树形结构模型,深入分析了RNA二级结构对比对算法,对算法进行详细的阐述与分析。论文针对RNA三级结构比对难点,提出了基于二级结构映射的序列三级结构比对算法,以及基于二级结构转化的三级结构比对算法,对比对结果进行了分析。论文对算法的实现及其比对软件的测试结果也作了深入的分析,实验结果表明二级结构比对算法具有较好的时间特性;三级结构比对算法能够正确反映序列的相似度,并且和二级结构密切相关。在实现的过程中,还针对RNA海量数据的特点,提出内存优化和动态规划回溯优化策略,提高了处理的效率。