基于恒温核酸扩增的沙门氏菌检测方法的研究

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沙门氏菌是存在于自然界中极易引起食物中毒的一种食源性致病菌,在据统计的食源性致病菌引起的食物中毒事件中,由沙门氏菌导致的中毒比例占全部的70%以上。由于沙门氏菌广泛存在于海洋水产品等生鲜食品中,且这些食品不易长时间保存,因此,发展快速准确的现场检测沙门氏菌手段对于食品安全、疾病预防等相关领域具有非常重要的意义。为达到快速检测沙门氏菌的目的,本研究对市面已有的沙门氏菌检测方法进行探讨分析,发现仅有等温核酸检测方法能够满足现场检测要求。为了寻找简单快速检测沙门氏菌的等温核酸检测方法,第二章对两种等温核酸扩增方法进行研究。首先研究的是目前在等温核酸扩增领域应用最为广泛的环介导等温核酸扩增技术。本文对该技术进行反应体系的优化并应用于检测沙门氏菌基因组DNA。但是实验结果表明,虽然该方法具有极高的灵敏度,但是由于产物为长片段的DNA大分子混合物,在环境中难以降解,非常容易产生气溶胶污染,造成后续实验结果中假阳性的产生。为了保证检测结果的准确性,本文放弃了这种等温核酸扩增方法。本文利用实验室之前的研究成果——基于变性泡介导的链交换扩增技术对这一缺点进行改进并进行沙门氏菌检测研究。由文献可知,该方法存在检测时间较长,检测灵敏度不足的缺点。因此,本文对该方法进行优化,利用链交换扩增技术成功实现了沙门氏菌的特异性检测和抗干扰检测,证明该方法具有实际应用的价值。但是在研究过程中该方法也暴露出灵敏度不足的缺点,仅能够检测浓度为100 fM的沙门氏菌基因组DNA,远远达不到国家标准中不得检出沙门氏菌这一要求,造成假阴性的检测结果。因此在后续实验中本文围绕链交换扩增技术进行深入探究以解决灵敏度不足这一缺点,使其能够满足现场快速准确检测的要求。在文献调研中发现,切刻内切酶和DNA聚合酶联用会大幅度提升核酸检测的灵敏度,但是二者又会产生较强的背景信号干扰,这是由于切刻内切酶能够对聚合酶自我复制产物进行不断切刻导致的。基于这一研究发现,本文在第三章利用内切酶和聚合酶进行联用,使其不易产生单链切刻,在提升检测灵敏度的同时降低背景信号。由于RNA在具有生命活动的生物体中易被RNA消解酶降解,因此,检测RNA对于判定生物体是否为活体具有重要意义。本文以社会焦点话题——寨卡病毒为研究对象,构建了一种能够对RNA做出一步法快速准确检测的可视化核酸扩增技术。在成功构建这一扩增技术之后,本文模拟被致病菌污染的海洋水产品,进行沙门氏菌模拟实际样本检测。研究结果证明本技术是一种高效灵敏的沙门氏菌等温核酸扩增手段。最后,通过对微全分析系统的展望分析,将等温核酸扩增技术应用到微流控芯片中,可以在未来避免人工操作中可能导致的操作误差,同时也消除了核酸扩增技术中常见的诸如气溶胶污染、需要依赖于检测仪器进行检测等缺点。为核酸快速检测技术的实际应用提供新的发展方向。
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