高等教育财政支出政策的演变过程乃是财政体制改革在高等教育事业上的反映。建国以来,中国高等教育财政支出政策体系有过数次重要的变革,每次变革都与财政体制改革的推进有着密切联系。本研究根据高校办学经费来源的变化情况,将中国高等教育财政支出政策的历史演变分为以下3个阶段:1949年至1985年的基数加发展的支出方式阶段、1986年至2001年的综合定额加专项补助阶段、2002年以后的基本支出预算加项目支出预算阶段。最大的变革就是由政府完全主导的单一支出模式转变为以财政拨款为主导的多元化支出模式。本研究基于成本行为分析高等学校经费支出,以项目成本法作为总成本的核算法则来核算高等教育成本。首先,为了得出高等教育经费支出各主体项目的模拟数,本研究对2013年至2015年中国25所高校部门决算对应的科目数额进行了相关分析;其次,应用多元线性回归模型对高校部门决算中各支出主体项目与其各自的解释变量逐步回归,得出了各支出主体的模拟公式;最后,根据支出公式统计各高校下年度的有关指标并加以汇总,进一步求出了各高校的支出主体项目的总需求,将各部分加总即得下一年度全部高等教育经费支出主体项目的总需求。通过基于成本行为的中国高等教育财政支出公式分配法的探讨,本研究尝试建立了一种具有可操作性的高等教育财政支出方式,从而形成了可供一级财政分配高等教育经费参考的决策支持系统。