高等院校的层级分化是高等教育运行过程中客观存在的一种现象，合理的院校分层分类结构对于高等教育的协调发展具有重要意义。本文选取转型期我国高等院校的分层现象作为研究对象，探讨转型期我国院校层级分化的原因及机制。 本文的研究主要运用了文献法和实证研究方法，从院校层级动态变化的视角，着眼于整个高等教育系统，进行考察。文章共分为四个部分，第一部分为导言，主要就研究选题、国内外研究状况、研究方法、思路、框架等进行阐述。第二部分是高等院校层级结构的分化，主要分析了转型期我国高等教育发展概况，以及院校层级分化的表现形式、分化方式、结构、特征等问题，并运用统计分析方法对考量我国院校地位的六项指标进行了分析和厘定。第三部分研究的是高等院校分层机制，对院校分层的历时与共时关系进行了归纳分析，并就转型期影响院校分层的政府、市场、社会、院校等几个因子及其表达方式进行了系统研究，在此之上，归纳总结了分层的机制、模式。第四部分对院校分层问题进行了反思，内容涉及高等教育分类分层发展与我国高等教育大众化的路径选择、和谐社会的构建与院校分层分类的和谐、院校竞争与高等教育产业规制等；文章最后还对本文的研究选题、方法、结论进行了反思。 本文认为，转型期我国院校的层级分化表现在办学体制、区域布局、科类结构、形式结构等几个方面；分化的基础方式是分类、主要方式是分层；院校层级演化还具有动态变化中的路径依赖特征；分化从整体看呈现出“金字塔”式的结构，但从具体视角看，还具有地域布局的“点状分布”结构——“东、中、西”是其结构的经，“大城市、中等城市、省会城市、地方城市”是其结构的纬；科类结构层面的“综合学科、多学科、优势学科、一般学科、弱势学科”这一等级序列的线性结构；通过对院校综合得分与各指标得分情况的二列等级相关系数分析，还可得知考量院校地位的要素依次为院校声誉、院校学术资源、院校物质资源、院校学术成果、院校教师资源和学生情况。 转型期我国高等院校分层的模式是：院校分层的“先天之本”——以政府干预为主导的分层控制机制，与分层的“后天之本”——以市场竞争为核心的分层运行机制、以社会评价为标示的分层反馈机制和以院校自主为基础的分层动力机制共同作用的结果；“先天之本”与“后天之本”的相互影响、相互作用是其形成的主要机制。在这个过程中，先天之本的影响与制约作用是主要的，后天之本中的市场、社会及院校对之有非常强烈的路径依赖；先天之本和后天之本是院校层级结构形成中的一对矛盾，先天之本是主要矛盾所在。二者对立统一，其作用也在院校层级动态的变化中发生着转化。