辣椒是世界上仅次于番茄的第二大茄科蔬菜作物,其根系分布浅,容易遭受水涝胁迫的危害。水涝胁迫已成为限制植物生长和影响作物产量的主要非生物胁迫之一,每年因水涝灾害导致的损失超过十亿美元。然而关于朝天椒耐涝机制的研究鲜见报道。因此,本试验以三个耐涝性不同的朝天椒品系‘ZHC1’（不耐涝）、‘ZHC2’（耐涝性强）和‘ZHS2’（耐涝性中等）为试材,待植株长到5叶1心时,对其进行淹水6 h（T1）、24 h（T2）及恢复1 h（T3）和24 h（T4）4个处理,以未淹水作为对照（CK）,通过测定生长、细胞结构及生理生化等指标,研究朝天椒对水涝胁迫的生理响应。此外,对‘ZHC1’和‘ZHC2’的T1、T2和T3三个关键时期进行了转录组分析,挖掘朝天椒耐涝特异基因以及代谢通路,以探索朝天椒耐涝生理和分子机制,为后续耐涝育种奠定基础。本试验获得的主要结果如下:（1）‘ZHC1’、‘ZHC2’和‘ZHS2’三个不同耐涝性朝天椒品系淹水24 h时根部变化差异显著,其中‘ZHC2’根系结构发生显著变化,根系分布趋于基质表层生长,且在茎基处有不定根发生;而‘ZHC1’根系分布变化较小,且有部分根系出现腐烂情况。淹水24 h时‘ZHC2’和‘ZHS2’的株高分别比对照增加12.75%和12.20%,而‘ZHC1’没有发生显著变化。三个品种的茎粗在淹水24h后变化最为明显,均达到显著差异,对茎基解剖结构分析发现‘ZHC2’茎基部通气组织的数量和大小高于另外两个品系。淹水24 h后‘ZHC1’、‘ZHC2’和‘ZHS2’的干重分别比对照增加2.00%、9.00%和-5.00%,其中‘ZHC2’的增加量最大,而‘ZHC1’呈降低的趋势。（2）水涝胁迫下三个品系的光合指标均显著降低,而恢复后（T3和T4）不同品系表现出显著差异,‘ZHC2’和‘ZHS2’能够迅速恢复,而‘ZHC1’则呈降低趋势。在T3至T4时期‘ZHC1’的净光合速率、气孔导度和蒸腾速率分别增加8.25%、-3.73%和-4.24%;‘ZHC2’分别增加79.61%、43.60%和15.99%;‘ZHS2’分别增加5.05%,19.90%和13.56%。光合色素的变化与光合指标较为一致。类胡萝卜素含量在三个品系间的变化趋势差异较大,T2时期‘ZHC2’升高,而‘ZHC1’和‘ZHS2’则降低。在相关性分析中,光合指标与其它生长、生理指标具有较强的相关性。（3）T2时期,‘ZHC2’根系中脯氨酸和可溶性糖含量分别比对照增加244.49%和124.00%,在三个品种间增加量最多。水涝胁迫下‘ZHC1’根系中氨基酸含量逐渐降低,而‘ZHC2’根系中氨基酸含量逐渐升高。T2时期‘ZHC1’和‘ZHC2’分别比对照增加-5.46%和39.28%。在水涝胁迫及恢复过程中‘ZHC2’根系活力均显著高于‘ZHC1’,T2时期,‘ZHC2’根系活力比‘ZHC1’高86.40%。T2时期,‘ZHC1’、‘ZHC2’和‘ZHS2’根系中丙二醛含量分别比对照增加101.54%、21.07%和53.62%,叶片中MDA含量与根系变化趋势一致。（4）分别在T1、T2和T3时期对‘ZHC1’和‘ZHC2’根系进行转录组分析,共鉴定到15,579个差异表达基因（DEGs）。其中ZHC1-T1、ZHC1-T2、ZHC2-T1和ZHC2-T2中分别发现了3,384/3,642、5,090/5,923、3,177/3,438和4,360/5,544个上调/下调的DEGs。挑选出9个与耐涝相关的关键DEGs进行实时荧光定量分析,结果显示与转录组数据表现出较强的相关性。水涝胁迫响应DEGs的功能与活性氧产生、类胡萝卜素合成、生长素信号转导、氨基酸代谢、糖酵解/糖异生等通路密切相关。同时还检测到了一些与耐涝紧密相关的新候选基因。生长和生理分析的结果与转录组数据一致。本试验为耐涝机制提供了新的见解,并为耐涝辣椒新品种选育提供了有价值的线索。