CTCF是进化上高度保守的含有11-锌指（ZF）模体的DNA-结合核蛋白，在印记表达与发育中起重要作用，是一种多功能转录调节物。Pax6基因是脊椎动物Pax家族九个成员之一的同源盒转录因子，在脊椎动物和无脊椎动物的眼睛、胰脏和中枢神经系统发育中起到重要并且保守的作用。CTCF与Pax6基因P0启动子上游的抑制元件结合，封闭了位于启动子上游3.5Kb的内胚层增强子的作用，从而抑制Pax6基因的表达。抑制区含有80bp的连续五个CCCTC重复序列，本文发现80bp序列能与CTCF结合，是抑制子发挥作用的主要区域，并且发现此80bp片段中的第二个CCCTC位点是关键结合位点，将其突变后，80bp片段与核蛋白及GST-CTCF融合蛋白结合水平都大为下降。 同时，本文探讨了CTCF在不同组织和细胞中调节Pax6基因表达的分子机制。结果表明，不同组织和细胞中Pax6基因P0启动子上游调控区不存在基因突变现象且甲基化位点无差异。另外，将抑制子中发挥主要作用的80bp片段甲基化后仍能与CTCF结合，说明甲基化不影响CTCF与Pax6基因P0启动子上游调控区的结合，这里可能存在甲基化之外的其它调控机制。