【摘 要】
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黄花菜基因组测序的完成使得黄花菜育种进入了黄金时代,建立相关的生物信息数据库来对基因组数据进行存储、分析、可视化和共享尤为重要。黄花菜是我国传统特色蔬菜,相关生物信息研究基础薄弱,数据零散,利用率较低,迫切需要建设易于操作的生物信息学分析平台,助力种质资源挖掘与基因功能分析。本研究通过整合黄花菜全基因组序列信息、注释信息和变异信息数据,基于Java的SSM框架、可视化工具JBrowse2、序列比对
【基金项目】
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山西省农业重点研发计划重点项目;(201903D211011-01); 山西农业大学青年拔尖创新人才支持计划,园艺植物分子遗传与育种(BJRC201601); 大同黄花产业发展研究院;
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黄花菜基因组测序的完成使得黄花菜育种进入了黄金时代,建立相关的生物信息数据库来对基因组数据进行存储、分析、可视化和共享尤为重要。黄花菜是我国传统特色蔬菜,相关生物信息研究基础薄弱,数据零散,利用率较低,迫切需要建设易于操作的生物信息学分析平台,助力种质资源挖掘与基因功能分析。本研究通过整合黄花菜全基因组序列信息、注释信息和变异信息数据,基于Java的SSM框架、可视化工具JBrowse2、序列比对工具Viro BLAST和FTP文件下载服务,搭建了黄花菜生物信息学平台(Nightlily Genome Database,NGD),有针对性的对数据进行可视化,为科研工作者提供一个方便直观浏览、获取并研究黄花菜全基因组数据的有力工具。本研究主要取得以下结论:1.构建了黄花菜全基因组数据库。该数据库汇总了全基因组序列、功能注释信息、全基因组变异信息,解决了黄花菜生物信息数据零散的问题。数据库提供了FTP下载功能,可以随时随地下载相关数据文件,使研究人员更加有效地使用黄花菜生物信息进行黄花菜种质资源的研究。2.实现了黄花菜全基因组数据的可视化。该数据库提供了一个简洁友好的界面,方便用户浏览、检索和下载黄花菜全基因组序列信息、注释信息和变异信息数据。此外,为帮助用户根据同源序列搜索其感兴趣的基因,本研究嵌入了BLAST序列比对分析工具,提供了方便快捷的在线序列比对服务。数据库中搭建的基因组浏览器可以帮助用户精确地定位相关基因区域,查看基因的详细信息,为用户提供图形化展示服务。经过对黄花菜生物信息平台的设计、开发、测试,完成了黄花菜生物信息分析平台的构建,实现了黄花菜生物信息的搜索功能、可视化功能、序列比对功能和下载功能,方便了育种工作者使用黄花菜基因组信息来解决科学问题。
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