一般系统论给出了一个可以描述各种系统共同特征的一般性定义,即系统是若干要素以一定结构形式联结构成而具有某种功能的有机整体。以系统论、控制论和信息论为基础的系统科学,为现代科学的研究提供了新的思路和方法,在生物学、物理学、心理学和社会学等方面都得到了广泛的应用。近年来互联网的急速发展带动了信息安全领域的不断创新,量子密码、入侵检测、容灾备份等技术的研究已经取得长足的进展甚至早已普遍运用。然而在理论方面,却仍然缺乏一种具有整体视角的系统理论,从一定的高度来支配整个信息安全系统的运转,指导信息安全系统的发展。本文基于一般系统论,从一个全新的角度来研究信息安全系统,为信息安全系统的理论研究开辟一条新道路。由于信息技术的衍生性、资源的共享性、传播的跨界性以及通讯网络手段的多样性等特点,信息安全可以被看作是一个高度开放的系统。本文定义一个信息安全系统,它包含信息安全的诸要素,这些要素组成一个信息安全整体,各要素之间相互关联,偏失了哪一方面,都会使安全出现漏洞,造成损失。本文首先分析信息安全系统的影响因素,将信息安全系统划分为若干层次,每个层次包含一些因素,然后用层次分析法,比较它们之间的相对重要程度,得到它们在系统中所占的权重；之后通过建立微分方程模型,分析方程的数学特征,来研究其中一些因素的相互作用。进一步地,本文探讨了多因素之间的相互关系和系统可能出现的安全问题,以及系统出现安全问题之后内部因素之间的变化。通过三元微分方程,分析了信息安全系统中三种因素共同作用下,它们之间的相互影响,以及某一种因素出现问题之后系统的变化。最后通过多主体建模,运用Swarm模型,研究了信息安全系统中出现了计算机病毒入侵的情况下,系统的变化和病毒发展的过程。结果表明,本文的模型能从一定程度上展现出信息安全系统发展中的内部变化,对信息安全系统的发展起到一定的引导作用。