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反转录转座子是以DNA-RNA-DNA的途径来实现转座的可移动元件,能在整合酶的作用下整合到宿主基因组中。这样,反转录转座子在宿主基因组中的拷贝数得到不断积累,从而使基因组增大。反转录转座子常带有增强子、启动子等调控元件,会影响宿主基因的表达,在生物进化过程中起着不可忽视的作用。
在哺乳动物细胞中存在着多种反转录转座子,包括长散在核元件(LINE)、短散在核元件(SINE)、被加工的假基因等。其中SINE由RNA聚合酶Ⅲ转录,LINE和被加工的假基因,则是RNA聚合酶Ⅱ的转录产物。SINE是一类非自主反转录转座元件,SINE家族成员根据起源可以分为两类,即起源于tRNA的成员和起源于7SLRNA的成员。大多数SINE家族都起源于tRNA,起源于7SLRNA的SINE家族包括灵长类的Alu家族、小鼠的B1家族和中国仓鼠的Alu等同序列家族等。
4.5SRNA基因序列是较晚发现的一种反转座子,起源于7SLRNA。其转录物4.5SRNA存在于核内基质中,是由RNA聚合酶Ⅲ转录的一类小RNA分子,在分类上属于核小RNA分子(snRNA)。snRNA与snoRNA,siRNA,miRNA等小RNA分子是目前生命科学领域研究的热点。
4.5SRNA最早于1960年代后期从一些RNA病毒中分离得到,以后又从非病毒感染的大鼠、小鼠、仓鼠细胞中发现,但在人类、猴、猫、貂、兔和鸡细胞中尚未发现。Harada等(1980)对小鼠和仓鼠的4.5SRNA序列进行了分析,并提出了4.5SRNA可能的二级结构。以后又发现4.5SRNA与Poly(A)RNA紧密相联,表明它与hRNA分子的转录后加工有关,可能直接参与剪接体的形成。Li(1982)发现4.5SRNA基因序列与7SRNA、B1和Alu序列高度同源,可能是B1家族的成员。而迄今为止的研究表明,B1、Alu等反转座子在细胞中执行多项重要功能,在基因表达调控和基因组进化方面扮演着重要角色。另据报道,E.coli中有一类丰富的小RNA,称为4.5SRNA,其序列与真核细胞7SRNA有同源性。4.5SRNA基因缺失实验证明,4.5SRNA对转译和分泌有一定影响。徐来祥教授(2000)的研究,揭示了4.5S反转座子与增强子之间在结构和功能上的联系。这些事实表明,4.5S反转座子具有重要的生物学功能。但是,至今对它的研究还仅限于少数物种,鼠类中只有大鼠、小鼠、仓鼠,对其他鼠种4.5SRNA及其基因的研究未见报道。
本课题研究中是通过RT-PCR,将大仓鼠(CricetulustritondeWinton)、黑线姬鼠(A.agrarius)、黑线仓鼠(C.barabensis)等野生鼠类4.5SRNA反转录扩增为cDNA,并进行克隆和测序。然后,利用DNASIS软件进行多个物种4.5S序列的分析比较。研究发现,这几种野生鼠4.5S反转座子序列,在结构上的突出特点是具有较高的GC含量,约占60%。分子内包含两个重复序列,一个是G-C-C-G-G-T-A-G,位于第1~8位和第20~27位;另一个是G-A-G-G-C-A-G-A-G-G,位于第40~49位和46~55位。比较发现,4.5S反转座子的保守性极强,在88bp的4.5S反转座子中,仅有极少数的核苷酸替换,且替换碱基对其二级结构没有显著影响。这种结构上的保守性说明了其功能的重要性,所以在长期进化过程中得以保留。
另外,4.5S反转座子序列在鼠类中比较多见,而在其它动物中罕有发现,这或许正是鼠类特异性的一个表现。4.5S反转座子在鼠类中是否普遍存在?它的存在,对于鼠类有什么意义?4.5S反转座子究竟执行何种生物学功能?它在基因组中的活动对于鼠类基因组进化有什么作用?这些问题,只有在对鼠类4.5S反转座子的结构与功能进行进一步研究后,才能得到答案。