科学研究是高等院校的三大基本职能之一。作为科学研究管理工作的重要环节,高等院校科研经费内部审计工作中暴露出来的问题近几年进入人们的视线,一方面国家和社会对于高等院校科研经费的投入,节节攀升已经达到了历史上前所未有的规模,另一方面随着审计署对科研经费审计问题的曝光,科研经费监督管理工作得到了来自社会多方的重视。近年来,高等院校科研经费内部审计工作已取得一定进展,但其自身问题也比较突出。本文从内部审计理论和审计政策法规出发,梳理已有研究的基础,做出综述。采用文献法和访谈法作为主要研究方法。一方面,搜集科研经费违纪违规典型案例,从中归纳科研经费审计的现状可能反映的问题,另一方面,在互联网公开资料上对高等院校审计处公开信息检索,搜集“985工程”高等院校和一般普通院校科研经费内部审计公开信息,做出对比分析,对高等院校科研经费内部审计的现状进一步细分,分析判断科研经费审计类型。文献法归纳的结论作为前提假设,运用访谈法进行检验,访谈以高校审计处工作人员为主要对象,访谈内容侧重于科研经费内部审计的现状、高校内部审计中采用的方法、和内部审计中出现问题的原因三个方面。研究结果显示,科研经费内部审计的问题,表现在科研经费内部审计缺位、审计会计职能相互替代、科研经费内部审计保证水平偏低三个方面。其原因主要有高等院校内部审计自身相对独立性不充分、科研经费内部审计定位不准确、科研经费内部审计缺乏机制保障和高等院校科研经费审计风险的具有隐蔽性等。为了提升科研经费审计的有效性,可以通过提升科研经费内部审计的相对独立性,加强内部审计监督的动力;确立科研经费审计监督的权威,从而明确科研经费审计工作定位;完善科研经费内部审计机制,为审计工作开展提供保障;采取措施从总体上降低科研经费内部审计风险。只有积极改善科研经费内部审计的现状,才能发挥科研经费内部审计工作对于高等院校科学研究的积极作用。