现代的物流成本控制是企业全员控制、全过程控制、全环节控制和全方位控制的结合。面对国际市场国内化和国内市场国际化的挑战,农产品市场的竞争将更加激烈。保持竞争优势的途径之一就是实现物流成本的有效控制。农产品物流体系不发达是我们一项薄弱的竞争力要素。为了达到现代物流专业化、社会化、规模化、信息化相结合的目标,通过对物流信息系统的分析,结合其在成本控制中的重要作用,并将其恰当的应用到我国农产品物流成本控制当中去,以达到对物流成本的有效控制。在参考了国内外最新的研究文献后,从农产品物流的概念出发,分析其成本的构成,进而确定控制的目标。根据控制目标,从信息系统化管理的角度出发,首先分析农产品物流成本控制中至关重要的配送成本控制,在分析了配送的现状之后,提出合理配送的原则和运用农产品物流配送信息系统进行成本控制的过程;其次分析了信息共享下的购货商的订货策略和供应商的销售供应策略,并对实施信息共享前后购货商和供应商的物流成本进行了比较分析,验证了信息共享对其成本控制的有效性;在分析农产品物流各功能成本控制的基础上,从库存与运输的角度,在分别考虑多种产品配送和运输模式选择的条件下,进行库存与运输整体成本的集成优化,力图在整个的成本控制过程中实现信息系统化管理。