应用MISA软件分析了双孢蘑菇基因组SSR位点组成,其中单核苷重复基序为主导类型,占总SSR的52.9%：其次是三、二核苷酸重复基序,其出现频率分别为34.3%和11.4%。A/T、AG/CT、AAC/GTT分别是单、二、三核苷酸的主要重复基序。采用Primer5.0软件设计引物,共设计有效扩增SSR引物112对,经筛选,其中97对在8份双孢蘑菇基因组中扩增出条带,25对表现出多态性,进一步研究表明共检测到67个等位基因,平均每个位点2.68个,平均Nei’s基因多样性指数为0.5023。8份双孢蘑菇品种的遗传相似系数变化范围为0.3363-0.8641,平均值为0.5385；基于Nei’s遗传相似系数的UPGMA聚类分析,在遗传距离0.46处,8个双孢蘑菇品种(系)分为2个类群,亲缘关系的远近与其种质来源有一定的相关性。在单孢分离子代的遗传分析中,有19对引物在单孢分离子代中遵循孟德尔自由分离定律。通过对溶壁酶组成及浓度、渗透压稳定剂、菌丝培养方法等研究,建立了有效的双孢蘑菇原生质体制备与再生系统。实验利用浓度为1.5%溶壁酶,0.6M KC作为渗透压稳定剂,25℃酶解3-4小时,原生质体量可达106/m1。纯化后的原生质体选择0.6M蔗糖作为渗透压稳定剂,PDMA培养基中25℃培养约10天原生质体可再生。以多态性良好的SSR引物作为鉴定同核原生质体主要标记,完成了对4株双孢蘑菇同核体的鉴定。论文最后利用生物信息学的手段挖掘分析了双孢蘑菇和其四孢亚种间的SNP和SV的差异。本研究对这些潜在的多态性SSR的开发为双孢蘑菇遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记基础,为进一步进行双孢蘑菇新品种的选育和种质资源的分析评价及管理提供了遗传依据。