我国在经济飞速发展的同时,给自然界带来了严重的负面影响,环境污染严重、生物多样性减少、生态功能退化等问题严重制约着我国的可持续发展。建立自然保护区可以有效的保护生物多样性和恢复生态服务功能,但由于保护区内的资源利用受限或被完全禁止,保护区居民不得不改变、放弃传统的生活和生产方式,甚至生态移民。他们为自然保护区的生态环境保护做出了牺牲,使保护区提供了更优质的生态服务,但是受益者却无偿享受到了自然保护区的生态服务,这显然是不公平的,受益者应该对他们进行生态补偿。然而我国尚未建立系统、完整的自然保护区生态补偿制度,因此应尽快构建合理有效的自然保护区生态补偿制度。首先,对自然保护区和生态补偿这两个概念进行了界定,在此基础上给出自然保护区生态补偿制度的概念,并介绍了该制度的基本原则,分析了该制度的功能和价值。其次,从经济学、生态学、法学的角度分析了自然保护区生态补偿制度的理论基础,尤其是通过分析法学的公平正义理论、环境权理论和可持续发展的理论,阐明了建立自然保护区生态补偿制度的必要性。再次,通过对自然保护区生态补偿制度立法现状和实践现状的探讨,总结出我国自然保护区生态补偿制度存在的不足。然后,通过分析美国保护性退耕计划、巴西生态增值税、哥斯达黎加生态服务付费计划以及其他国家生态补偿制度的实践案例,总结出国外生态补偿制度对我国的启示。最后,提出了完善我国自然保护区生态补偿的建议,分别从立法模式的选择、主体制度的完善、补偿方式的完善、补偿标准的确定、资金筹集方式的拓宽以及运行机制的健全等方面论述,以期构建起我国的自然保护区生态补偿制度。