三趾跳鼠（Dipus sagitta）属跳鼠科（Dipodidae）三趾跳鼠属（Dipus）广泛分布于我国蒙新区,是蒙新区区系分布的典型物种。三趾跳鼠适应性强。本实验研究目的是要从分子水平利用线粒体DNA为分子标记来研究三趾跳鼠的遗传多样性与环境因子之间的关系,进一步了解河西走廊及其周边地区三趾跳鼠进化过程及分布的格局、形成此格局的原因。 本实验对来自内蒙古、甘肃、新疆三地区的78只三趾跳鼠采用哺乳动物细胞色素b通用引物进行扩增及测序分析,测序的结果得到细胞色素b1037bp序列。利用分子生态学软件分析得出以下结果： 1.三趾跳鼠细胞色素b碱基序列平均碱基含量为：T（U）占29.1%,C30.4%,A26.2%,G14.3%。发现12个转换位点,1个颠换位点,转换颠换比12：1,TC间的转换7个,AG间的转换位点5个。碱基的转化频率大大高于颠换发生频率。 2.三趾跳鼠总的的核苷酸多样性为0.018±0.025,单倍型多样性为0.963±0.054。各个地理种群中核苷酸多样性最高的是阿克塞AKS种群0.07326,最低的是榆中种群0.0010。在单倍型多样性方面,单倍型多样性最低的是甘肃的金塔种群0.833。三趾跳鼠种群的细胞色素b遗传变异丰富。 3.三趾跳鼠9个种群78个样本共发现64个单倍型。其中中泉子有9个单倍型,新疆吉木乃有15个单倍型,阿克塞有3个单倍型,安西有8个单倍型,民勤有12个单倍型,苏干湖有7个单倍型,高台有6个单倍型,金塔有3个单倍型,榆中有2个单倍型。其中阿克塞、安西、民勤有1个共享单倍型,安西、苏干湖有1个共享单倍型。其余种群之间无共享单倍型。 4.核苷酸多样性与温度变异系数之间呈显著负相关关系,说明相对温度变异系数是影响三趾跳鼠遗传多样性的主导因子。 5.在9个地理种群间吉木乃和榆中种群之间的遗传分化指数最高Fst0.976,高台种群和阿克塞种群之间的遗传分化指数最低Fst0.008。种群之间的遗传差异显著。 6.根据碱基序列计算,分析结果可知,吉木乃和中泉子种群之间的遗传距离最大0.132。而比较两地的地理距离也是最远的1579公里。 7.构建贝叶斯分子进化树,结果表明9个三趾跳鼠地理种群聚为两个明显的分支,其他地理种群种群聚为一支,吉木乃聚为另一支。根据BEAST软件分析计算,三趾跳鼠的两大支分歧时间在距今52万年左右。种群扩张分析提示,三趾跳鼠在0.115Ma前曾经历一次种群扩张时间,种群可能受到更新世的庐山-大理间冰期的影响。