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本文选择美国的Bt玉米(Mon810)与同源常规玉米(34B24和34B23)、中国的Bt玉米(Cry1A)(1246*1482和农大61)与常规玉米(农大3138)共5个品种，通过温室栽培和室内秸秆分解实验，采用16SrDNA或18SrDNAPCR-DGGE和凝胶条带回收克隆测序的方法，研究种植Bt玉米或秸秆还田对土壤微生物群落的影响，旨在为Bt玉米生物安全评价提供科学依据。
温室种植34B24、34B23、1246*1482和农大3138四个取样时期的数据分析表明，DNA指纹香农多样性指数分析显示34B24根际土壤中的细菌多样性只在53d时显著高于34B23；真菌多样性则只在39d时显著低于34B23；1246*1482细菌多样性除82d外，其它时期都显著低于农大3138；真菌多样性则除82d外，其它时期均显著高于农大3138。四个取样时期48个细菌DNA指纹在相似性为40％时分为四类，同一取样时期的12个样品聚为一类，这表明无论是Bt玉米还是常规玉米，根际细菌群落的DNA指纹随生育期不同而变化，且生育期的变化远远大于不同品种的差异，真菌DNA指纹聚类结果与细菌结果相近。从DGGE凝胶回收的22个细菌条带和20个真菌条带克隆、测序和BLAST结果显示，34B24与34B23、1246*1482和农大3138相比，均没有特有的或显著差异的细菌和真菌种类，品种间细菌和真菌群落结构的差异表现在不同生育期的构成不同。
34B24、34B23、农大61和农大3138的秸秆分解实验研究表明，34B24处理中土壤的细菌多样性只在15d时显著高于34B23处理，农大61与农大3138处理在两个时期都没有显著差异。两对玉米秸秆处理的土壤中真菌多样性都没有显著差异。细菌DNA指纹在相似性为54％时分为两类：15d和75d，其中15d的一类在相似性为80％时，明显分为4类，每一品种的三个重复自成一类，说明秸秆分解15d时四个处理的细菌群落存在显著差异。真菌DNA指纹聚类结果与细菌的结果一致。从DGGE凝胶回收的细菌和真菌条带的克隆测序和BLAST结果显示，15d时四个处理的土壤中细菌和真菌种类构成均存在显著差异，但75d时，只有34B24和34B23处理存在显著差异。秸秆还田处理土壤细菌和真菌群落构成的差异，可能是不同品种秸秆化学特性的不同引起的。
大规模种植Bt玉米及秸秆还田对土壤生态系统微生物多样性和功能的影响是一个长期的过程，很有必要开展长期的定位研究与观测。