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本文首先利用SPSS 13.0分析软件对194尾松浦镜鲤的体重、体长和尾长值进行相关分析,并选用扩增效果好的30个微卫星标记,检测新品种松浦镜鲤繁殖群体的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)等遗传参数,以卡方检验估计群体Hardy~Weinberg平衡,最后还将30个基因座的不同基因型与个体的体重、体长和尾长进行了相关分析。结果显示,体重与体长高度线性相关,差异极显著;尾长与体重、体长分别呈显著相关,差异显著。多样性指数结果表明共检测到172个等位基因,片段长度在115~432 bp之间,有效等位基因数为1.14~5.32;观测杂合度为0.07~0.92,期望杂合度为0.13~0.91;多态信息含量为0.12~0.79,其中高度多态(PIC≥0.5) 21个,中度多态(0.25≤PIC≤0.5) 7个,表明这个群体的多样性较高,信息含量比较丰富。研究还发现有4个遗传位点:HLJ328、HLJ693、MFW29和MFW48与体长性状显著相关(P<0.05),其中,位点HLJ328、HLJ693和MFW48还与体重性状显著相关(P<0.05),未发现与尾长性状相关的位点。本文获得的这些标记具有生长特性优势,可作为松浦镜鲤分子辅助育种的参考标记。根据NCBI已公布的鲤鱼MHC II B基因序列,设计一对特异性引物,采用PCR~SSCP方法对松浦镜鲤鱼及其他5种鲤鱼群体MHC II B基因第3外显子108bp扩增片段进行多态性分析,结果共获得7种基因型(A~G),其中基因型为B型的个体数占所有群体总个体数的47.45%,且分布于所有群体,其它6种基因型出现频率范围为1.1%~17.15%。回收不同基因型的片段并测序,经比对共发现4个碱基多态位点和3个氨基酸多态位点。易捕鲤和大头鲤两群体中各发现4个突变位点(占3.7%);松荷鲤、松浦鲤和德国镜鲤群体各发现3个突变位点(占2.7%);松浦镜鲤群体仅发现2个突变位点(占1.8%)。通过Popgene软件计算出每个群体不同位点的杂合度和多态信息含量(PIC),6个鲤鱼群体的观测杂合度(Ho)最大值为0.7464,最小值为0.1037;多态信息含量为0.0623~0.3609。以期为今后深入研究鲤鱼MHC基因多态性及与鲤鱼抗病新品种的选育提供理论依据。