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本研究利用SSR分子标记分析了葡萄种质资源的亲缘关系和遗传多样性。利用核SSR分子标记分析了南京农业大学葡萄试验基地79份葡萄种质资源的亲缘关系；根据葡萄叶绿体序列开发了7对叶绿体SSR引物,并结合核SSR引物初步鉴定了优良实生单株‘2004-2-5’的亲本；分析了南京地区9个野生蘡莫葡萄群体286份资源和黄山地区3个野生刺葡萄群体40份资源的遗传多样性,为野生葡萄资源的保护、开发和利用提供了参考依据。主要研究结果如下：1.利用SSR分子标记分析了79份葡萄种质资源的亲缘关系。15对SSR引物在79份葡萄材料中共扩增出158个等位基因,位点多态率为100%,其中中国野生葡萄资源(蘡莫和刺葡萄)特有等位位点数为22个,占总位点数的13.9%。可鉴别67个品种,鉴别率为84.8%。通过非加权组平均法(UPGMA)对所得数据进行聚类分析,79份资源间的遗传相似性系数为0.72～1.00,在遗传相似系数为0.72时,79份材料聚为两类,砧木品种‘99R’、‘5BB’和中国野生葡萄资源刺葡萄、蘡薁聚为一类,欧亚种、欧美杂种和优良实生单株聚为一类,说明抗病抗逆性较强的中国野生葡萄资源和砧木品种与用于鲜食的栽培种亲缘关系较远。2.‘2004-2-5’是通过实生选种选育的品质优良的实生单株,亲本未知。本文根据葡萄叶绿体全序列设计了26对叶绿体SSR引物,筛选出7对有多态性且扩增效果较好的引物。用15对核SSR引物分析了‘2004-2-5’和55个候选疑似亲本之间的似然比分数,用7对叶绿体SSR引物进一步鉴定母本。结果表明：‘大濑户’和‘圣诞玫瑰’组成的亲本对为‘2004-2-5’亲本概率最大,其次为‘魏可’和‘大濑户’；‘大濑户’是雄性不育品种,为‘2004-2-5’母本概率较大,‘魏可’与‘2004-2-5’cpSSR扩增结果不同,可以否定其为母本的可能。3.野生蘡薁葡萄资源在南京地区分布广泛,本研究利用8对SSR分子标记分析了南京地区9个野生蘡莫群体的遗传多样性。8对SSR引物在286份蘡薁资源中共扩增出99个等位基因,位点多态率(PPL)为100%,平均有效等位基因数(N。)为3.127个；观测杂合度(Ho)为0.451,期望杂合度(Ho)为0.581：Nei’s多样性指数(H)为0.580；Shannon多样性指数(I)为1.392；多态性信息量(PIC)为0.559；固定指数F为-0.047～0.750。说明供试的蘡薁葡萄材料存在较高的遗传多样性。9个野生蘡薁葡萄群体的平均观测等位基因数(N。)为3.125～9.000,平均有效等位基因数(N。)为2.072～3.124；观测杂合度(Ho)为0.359～0.486,期望杂合度(Hc)为0.417-0.591；Nei’s多样性指数(H)为0.391～0.588；Shannon多样性指数(I)为0.728～1.328；基因分化Fst为0.025--0.154,基因流Nm为1.375-9.793,平均为2.042；遗传一致度为0.647～0.974,遗传距离为0.027～0.435。群体间基因交流频繁,遗传分化较小,地理距离是影响遗传一致度和遗传距离的主要因素,但不是唯一因素,有时会受到客观因素如生境、人类活动等的影响。4.利用8对SSR分子标记引物分析了安徽黄山地区40份野生刺葡萄资源的遗传多样性,结果表明：8对SSR引物扩增的等位基因数(Na)为36个,每个引物扩增等位基因数(Na)为2-10个,有效等位基因数(Ne)为1.285～5.378个；观测杂合度(Ho)为0.250～0.775,期望杂合度(He)为0.224～0.824；Nei’s多样性指数(H)为0.222～0.814；Shannon多样性指数(I)为0.417～1.884；多态性信息含量(PIC)为0.202～0.789。依据地理位置将黄山地区刺葡萄资源分为3个群体(POP1,POP2,POP3),3个群体之间遗传相似度为0.829～0.912,遗传距离为0.093～0.188,表明黄山地区刺葡萄资源的遗传差异较少。通过非加权组平均法(UPGMA)对黄山地区40份刺葡萄和湖南、福建的3份刺葡萄进行聚类,在遗传相似系数为0.62时,黄山地区刺葡萄聚为一类,湖南、福建的刺葡萄聚为一类。这些结果表明,刺葡萄的基因流限制于短距离,黄山地区刺葡萄主要以有性繁殖为主。