中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)俗称河蟹,主要分布于中国长江、辽河、瓯江等水域,但群体自然分布以长江流域为主。多年来,由于各水系中华绒螯蟹无序引种和培育苗种的盲目放流,加上人工养殖群体向自然水体的逃逸,打破了各水系中华绒螯蟹的天然分布格局,各水系中华绒螯蟹群体间的基因交流非常频繁,由此产生了中华绒螯蟹的种质混杂问题。针对这一现状,本研究通过对线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COI)序列变异分析,研究了当前长江、辽河、和瓯江3个天然群体以及莱菌河F1代群体的遗传结构、基因交流以及种质混杂情况。同时采用微卫星(SSR)技术分析了中华绒螯蟹F4代选育群体、长江水系天然群体以及射阳土池育苗群体间的遗传差异,探讨了人工选育活动对中华绒螯蟹选育群体遗传多样性的影响。本研究期望为我国中华绒螯蟹种质资源保护与合理开发利用研究提供理论依据。　　 针对我国各水系中华绒螯蟹群体间无序引种的现状,本研究通过克隆测序获得了当前长江、辽河、瓯江以及莱菌河水系F1代4个群体共71个个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COI)序列。通过序列变异分析,初步研究了当前各水系中华绒螯蟹天然群体的种质混杂情况。对获得的COI基因序列进行比对,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个。基因序列G+C(％)含量较低,表现出较为明显的碱基组成偏倚性。71条序列共归结为17种单倍型——其中单倍型H13出现次数最多,为莱菌河水系F1代群体、长江群体以及瓯江群体的共享单元型;单倍型H15、H16以及H17为瓯江群体特有。中华绒螯蟹总体遗传多样性指数较高,其单倍型多样性指数(H)为0.862,核苷酸多样性指数(π)为0.0169。对各中华绒螯蟹天然群体分别进行遗传多样性分析,其中长江群体的单倍型多样性指数最高(0.838),莱菌河水系F1代群体最低(0.7250)。长江群体与辽河群体间的遗传距离较小(0.00244),与瓯江群体间的遗传距离较大(0.02037),推测长江群体与辽河群体间的种质混杂较为严重。长江、瓯江群体内部个体间的遗传距离(0.01738和0.0253)已大于长江群体与辽河群体间的遗传距离,提示长江、瓯江群体内部遗传变异较大,种质混杂情况也更为严重。本研究中各群体间的基因流(Nm)均高于1,其中长江天然群体与莱菌河F1代群体及辽河群体间的基因流分别为9.72和8.27,表明长江群体与这两个群体间存在着较为频繁的基因交流。分子变异分析(AMOVA)结果显示,本研究中4个天然群体总的遗传分化指数为0.0924(P＜0.001),其中大部分遗传变异(90.77％)存在于中华绒螯蟹各天然群体内部,存在于群体间的遗传变异较少(9.23％)。单倍型网络图和系统发育分析均没有显示出单倍型与地理位置的对应关系,提示当前各水系中华绒螯蟹种质混杂较为严重,已不能形成显著的地理群体结构。　　 为探究人工选育活动对中华绒螯蟹遗传多样性的影响,本研究利用10对微卫星引物对中华绒螯蟹长江水系天然群体、人工选育F4代A级群体、F4代B级群体以及江苏射阳群体共95个体进行遗传多样性分析。(F4代A级和B级选育起始群体均来源于国家级江苏高淳长江水系中华绒螯蟹原种场,射阳群体为江苏省河蟹养殖普遍采用的苗种,其亲本为当地养殖河蟹。)研究结果表明,中华绒螯蟹4个群体的平均观察杂合度(H0)分别为0.8053、0.8197、0.8105、0.8100,平均期望杂合度(He)分别为0.7149、0.7161、0.7262、0.7286。其中,人工选育F4代A级以及B级群体的遗传多样性指数均高于天然群体,但是无显著性差异(P＞0.05)。总体而言,本研究中4个群体的遗传多样性均处在较高水平,其中射阳群体的平均期望杂合度最高,天然群体最低,各群体间遗传多样性亦无显著性差异(P＞0.05)。聚类分析结果发现,天然群体、F4代A级和F4代B级选育群体聚为一支,而射阳群体单独聚为一支,结果显示:中华绒螯蟹F4代人工选育群体与长江水系天然群体间没有发生显著性的遗传分化,具有进一步选育的潜力。