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帘蛤科是帘蛤目中物种最多的科,包含许多经济种。目前对这些经济种的研究主要集中在养殖技术和环境因子影响等方面。长期的人工养殖已造成种质退化、抗逆性差和遗传多样性降低。利用分子生物学手段对其遗传信息进行研究,为帘蛤科贝类的遗传育种,种质资源保护,遗传多样性分析提供理论依据。同时也能为解决帘蛤科内物种分类中存在的争议提供分子依据。核糖体基因属于核基因,包含双亲遗传信息。核糖体基因簇中不同区域的进化速率不相同,可以用作不同阶元水平的系统发育分析。本研究选择了五种帘蛤科贝类,其中威海常见经济贝类四种,分别为菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)、文蛤(Meretrix meretrix)、紫石房蛤(Saxidomuspurpuratus)和薪蛤(Mercenaria mercenaria)。一种为引进的新品种—新西兰鸟蛤(Austrovenus stutchburyi)。对其核糖体基因簇序列进行比较分析,研究核糖体基因的结构特点和这五种贝类之间的亲缘关系。本文扩增出菲律宾蛤仔、文蛤、紫石房蛤,薪蛤和鸟蛤的核糖体基因簇包含18S rDNA-ITS(ITS1-5.8S rDNA-28S rDNA)-28S rDNA-IGS,长度分别为7510 bp,13799bp,7169bp,10132bp和11484bp,其中IGS为部分序列,18SrDNA序列长度分别为1896bp,1824bp,1828bp,1830bp和1917bp,序列种间一致性在67.84%至98.53%之间,遗传距离在0.007至0.300之间,通过序列对比发现存在有2处变异激增区;ITS序列长度分别为1172bp,1451bp,1211bp,1197bp和1020bp,其中ITS1长度在553bp至878bp之间,序列种间一致性为50.35%,ITS2长度在242bp至416bp之间,序列种间一致性为51.31%,ITS序列的种间一致性在41.59%至60.26%之间,遗传距离在0.3798至0.5895之间,共有变异位点928个,占全部信息位点数的62.3%,简约信息位点数234个,占总数的约15.7%:28S rDNA序列长度分别为3800bp,3606bp,3700bp,3780bp和3738bp,序列种间一致性在84.80%至96.53%之间,遗传距离在0.024至0.094之间,发现有9处变异激增区,最长的一处长度有80bp。分别以18S rDNA序列,ITS序列和28S rDNA序列为分子标记,对实验的五种贝类及帘蛤目和帘蛤科物种进行系统发育分析,构建ML和NJ系统发育树,研究结果显示菲律宾蛤仔、文蛤和紫石房蛤的分类与现行分类体系一致,而隶属于帘蛤亚科的薪蛤却先与镜蛤亚科聚为一支,再与鸟蛤聚在一起,支持文蛤亚科源于仙女蛤亚科中某些种的观点。通过PCR扩增和高通量测序的方法获得五种实验贝类的IGS部分序列,长度介于442bp至6560bp之间,通过对序列的转录起始点和转录终止点的分析,推测出文蛤,薪蛤和鸟蛤的3’ETS区域全长分别为56bp,145bp和195bp;菲律宾蛤仔,文蛤和薪蛤的5’ETS区域全长分别为571bp,669bp和478bp。在所有的ETS区域内均未找到重复序列,但在已测得的NTS序列中发现数量不等的重复序列,但种间的重复序列在数量,重复次数及碱基组成上均无明显相关性,除文蛤外,其他四种贝类的5’ETS区域均发现CpG岛。以5’ETS序列为分子标记构建的ML树和NJ树拓扑结构并不完全相同,但薪蛤和鸟蛤都是先聚为一支,这与ITS构建的系统发育树的情况是一样的,说明5’ETS仍具有一定的分子标记能力,具有被用来研究亲缘关系较近的物种间系统发育关系的潜力。