为保护滇池环境，改善滇池污染状况，自“六五”以来，国家、云南省组织实施了多项重大科技项目，在减少污染、恢复水质的理论研究、技术集成与应用、工程示范和科技项目管理等各方面开展了大量工作，取得了一些成绩。但是应该指出，这一系列项目的实施仍未达到预期成效，滇池环境保护的瓶颈问题尚未解决，科技对于滇池环境保护的支撑作用还未充分体现。科技项目管理水平不高，是制约项目达到预期成效的主要原因。 本文采用理论与实践相结合的方式，从滇池环境保护重大科技项目微观管理的角度出发，在总结目前滇池环境保护重大科技项目管理现状的基础上，运用公共管理学理论、可持续发展理论和现代项目管理理论，分析当前项目管理中存在的主要问题。结合滇池环境保护重大科技项目的特性，对完善项目管理提出了对策建议：政府要充分发挥职能作用，通过改善项目实施外部环境、出台成果转化措施、建立协调管理机制，才能为项目的顺利实施、科技成果的有效转化提供有力保障；对滇池环境保护重大科技项目管理自身而言，要通过先进项目管理理念和方法的引入和运用来不断改进项目的过程管理，因地制宜不断创新项目的组织管理。