随着我国资本市场对外开放，企业兼并、重组、股权交易频繁发生，产权交易日益活跃，所有这些交易都会涉及到企业的价值问题。企业作为社会经济活动运转中的一种重要组织形式，人们自它的创立以来就开始对其价值的衡量与评估不断地进行探索研究。随着公司的发展演变，人们对公司价值的认识也在不断改变。目前主流的企业价值评估方法在研究者不断地探索中逐步完善成熟，随着我国证券市场的不断扩大成熟、上市公司不断增加，投资成为越来越多人的选择，投资目标的价值也就成大家关注的焦点。随着改革开放的深入，经济水平的提高，民生问题更多地被关注，医药行业开始逐渐地发展，尤其是近几年不断进行的医疗体制改革，更加推动了医药行业的壮大。投资市场中医药行业板块开始成为投资者关注的焦点，人们对医药行业上市公司价值评估也提出了更高的要求。　　 基于实践的需要，本文研究企业价值评估的相关理论、方法，分析比较了各种方法的适用性。重点分析了收益法中的自由现金流折现模型和剩余收益折现模型在医药行业上市公司中的应用。本文运用两种方法对同仁堂股份有限公司进行企业内在价值评估，首先根据同仁堂股份有限公司的历史数据分析营业收入状况，综合考虑历史收入发展、市场和行业的发展现状等因素对未来营业收入增长率进行预测;然后将历史利润表、资产负债表中主要项目占营业收入比例进行分析并预测未来利润表和资产负债表，得出自由现金流和剩余收益。最后利用自由现金流折现模型和剩余收益折现模型估算企业内在价值。文章最后选取行业内具有代表性的样本企业，用同样的方法估算样本公司的企业内在价值，最后将估算价值与股票市场价值运用统计方法进行相关性统计检验。　　 研究结果认为自由现金流折现模型和剩余收益折现模型估算出来的企业股票内在价值与股票的市场价值有高度相关性，自由现金流折现模型和剩余收益折现模型适用于我国医药行业上市公司的价值评估。