近年来,我国对房地产行业进行了严格的调控,土地增值税是国家对房地产行业调控采取的重要手段之一。土地增值税的清算工作是对土地增值税征收管理的最后一步,严格把控土地增值税的清算是对房地产行业管控必不可少的一步。但是一旦土地增值税清算处理不规范、清算过程中的难点处理不到位就会引发相应的税务风险。从相关学者的研究和税务案例中可以发现实务中常见的土地增值税清算风险主要存在于虚增开发项目的成本、少计销售收入、利用关联企业转移利润等几个方面。税务部门进行土地增值税的相关检查也主要从这几个方面进行;与此同时,土地增值税是房地产企业“三大”税种之一,在成本巨大的房地产开发项目中,如果能充分利用国家税收优惠政策,做好土地增值税的清算工作,有利于降低企业税务成本,增加流动资金,缓解纳税人的压力。本文通过对土地增值税清算过程中的一般性风险进行归纳总结,利用风险管理中的关键指标法,构建相关的指标体系对房地产企业土地增值清算相关案例进行分析,得出土地增值税的清算风险部分是相关政策法规不完善引起的;扣除项目是税务风险的集中爆发地;企业应该提升税务风险意识等结论,最后从房地产企业、税务机关、国家政策法规等三个角度对降低土地增值税清算风险相关对策建议进行探讨。