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大规模转录组分析表明,绝大多数真核生物的基因组可以被转录,形成一个复杂的转录本网络,其中只有少部分转录物与蛋白质编码有关,而大部分为没有蛋白质编码潜能的长度大于200核苷酸的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)。lncRNA广泛存在于细胞和组织中,具有发育阶段和细胞类型特异的时空表达调控模式。目前的研究表明,lncRNA可以在转录水平,转录后水平和蛋白质翻译水平调节生物体基因的表达,从而调控基因印记、X染色体失活、染色质修饰、细胞周期、选择性剪切、细胞分化、细胞重编程、细胞凋亡、亚细胞结构的定位、神经系统发育和器官形成等一系列重要的生命活动,有些lncRNA甚至与包括癌症在内的多种人类疾病的发生发展有密切的关系,表明lncRNA在生物体生命活动过程中的重要作用。 长链非编码RNA(lncRNA)在哺乳动物的神经系统中广泛表达,对神经系统的发育具有极其重要的作用。目前人们采用全脑或不同神经解剖学区域来研究神经系统lncRNA。由于同一神经解剖学区域细胞的不均一性,上述研究不能检测到在神经系统特定细胞类群低丰度表达且起关键调控作用的lncRNA。我们通过单细胞高通量深度测序,从小鼠侧脑室室管膜下区(SVZ)鉴定了50个新的多外显子lncRNA。这些新lncRNA具有组织和细胞类型特异的时空表达调控模式,有些lncRNA仅在SVZ区细胞群体中的极少数单细胞中表达,在多细胞水平上难以发现。这些在特定细胞类群低丰度表达的lncRNA可能在神经系统发育中起关键调控作用。