十六世纪末至十七世纪初，西藏社会的形势处于地方政权和各宗教派别、蒙古势力等组成复杂的社会局面。各地方割据势力为了保护自己的权利和地位，战乱蔓延整个西藏社会，最后藏巴汗势力逐渐强大并消灭各地方割据，统一了卫藏地区。其后，藏巴汗和噶玛噶举派联合白利土司、却图汗共同排挤、镇压格鲁派，导致格鲁派引进蒙古和硕特部军队入藏，消灭藏巴汗地方政权。所以本人针对十七世纪初藏族社会中的政教联合制度和教派矛盾以及外部力量给当时藏族社会发展历史带来的影响及后果进行了初步调查和较为全面研究。本文共分为四章第一章从十七世纪初复杂的历史背景下藏巴汗怎样统治卫藏的经过和当时藏传佛教各教派的发展状况、藏巴汗为了安抚与稳定刚统治不久的地域实行了什么样的宗教政策等三方面进行了阐述.第二章主要论述了噶玛教派的社会历史地位和新兴格鲁派的传播及发展给噶玛派和藏巴汗地方政权的地位及利益所构成的威胁。第三章主要阐述了此矛盾的不断升华下噶玛派联合藏巴汗地方政权镇压和阻止格鲁派发展的基础上还较详细的描述了格鲁派当时的严峻处境，同时还论述了格鲁派各上层人物同心协力从藏区内外寻找靠山逆转对自己的教派的不利的局面。第四章通过论述当时蒙古社会中存在的矛盾和斗争，尤其是漠西卫拉特蒙古各部落间争夺草场和牲畜而连年征战的内部矛盾和同其他民族和国家战火不断的外部矛盾论证了固始汗出兵援助格鲁派的真正原因。最后简单地描述了蒙藏联合建立了甘丹颇章地方政权既藏巴汗政权的灭亡。