当前航运供应链中,航运企业为了维护自身利润,不断提高海运价格,航运货运代理企业则将增额成本转移给下游货主企业,使得航运企业、航运货运代理企业和货主企业之间的利润矛盾不断加剧。2013年8月1日在航运企业实行的“营改增”税务改制使得三者之间的利润矛盾愈加凸显,威胁到航运货运代理企业的生存和发展。为解决该现实问题,本文拟从航运货运代理企业视角,研究如何发挥其媒介作用,实现三者之间的供应链利润协调。本文通过对供应链协调理论和供应链利润协调方法的文献研究,确定了以三级供应链协调作为理论基础,通过结合契约和非契约利润协调方法,研究供应链利润协调机制。首先,根据航运企业、航运货运代理企业和货主企业的主从博弈关系,通过构建Stackelberg博弈模型分别计算出税务改制下三方均合作、航运企业和航运货运代理企业合作、航运货运代理企业和货主企业合作以及三方均不合作四种决策模式下货主企业出货量、三方价格和利润以及供应链总利润。通过比较分析得出,在三方均合作的模式下供应链利润得以最大化。然后,在三方均合作模式的基础上,分别运用收益共享契约法、Shapley值法、核心法和Nash协商法构建利润分配模型。最后,根据D货运代理企业实际案例,利用四种利润分配方法对D货运代理企业、目标航运企业和货主企业所分配利润进行了计算。同时,根据案例的利润分配目标,选用TOPSIS法对四种利润分配方法进行综合,得出最优的利润分配方法,为改善税务改制下航运企业、航运货运代理企业和货主企业利润矛盾提供了解决方案。