改革开放以来,个人卫生费用大幅增加,出现“看病难、看病贵”现象。2011年3月,十二五规划纲要中明确提出要增加政府卫生投入,把基本医疗卫生制度作为公共产品向全民提供。我国政府对医疗卫生领域的重视不断加强,政府卫生支出规模不断增加,这确实极大地缓解了过去因卫生投入资金不足所导致的各种问题。但由于政府卫生支出规模的增长有限,在财政收入有限性和政府支出无限性的矛盾下,为了实现十七大提出的“人人享有基本医疗卫生服务”的目标,解决人民“看病难、看病贵”的问题,卫生部明确提出在增加政府卫生投入的同时,要不断提高政府卫生资金的使用效率。而我国各级地方政府在卫生投入中承担主要责任,因此研究湖南省各市(州)地方政府卫生支出效率不仅有重要的理论意义,在促进政策实施达到预期效果上也有着重要的现实意义。本文首次尝试利用DEA-Tobit两阶段分析框架研究了湖南省地方政府卫生支出的效率及其影响因素。研究发现,2003-2008年间样本地区地方政府卫生支出效率在整体提高的同时呈波动趋势,各市州的效率得分具有明显的地区差异,而人口密度、人均GDP、农民恩格尔系数、城镇居民恩格尔系数和省以下财政收入分权指标等社会、经济和制度变量则是造成这种效率差异的主要原因,其中,省以下财政收入分权指标对湖南省各市(州)地方政府卫生支出效率有显著的负影响。由此本文建议,应通过调整部分地市政府卫生支出规模,提高政府预算管理及卫生资源规划水平来提高湖南省整体政府卫生支出效率；此外,基于我国特殊国情,应通过合理划分基本公共卫生支出责任,建立地方政府卫生支出考核指标体系,改进对地方政府官员的考核机制和逐步放松户籍制度,使省以下财政分权对湖南省政府卫生支出效率的提高发挥积极作用。