城市创新系统是当代创新理论研究的重要问题。自从20世纪80年代Freeman提出宏观层面的国家创新系统概念以来,随后国外学者提出中观层面的区域创新系统和微观层面的企业创新系统,为此,创新系统理论已形成了国家—区域—企业的三级创新系统,而城市作为区域的核心区,在新思想的产生、技术进步的发展及知识型地区的发展等方面具有非常重要的作用,城市创新系统已成为研究热点。2006年我国提出到2020年将中国建成创新型国家的重大创新战略,随后为实现这一战略,相继推出建设创新型城市、创新型企业的战略决策。我国创新型城市建设的实践,急需城市创新系统的科学研究成果提供指导和参考。然而,目前国内外学者对城市创新系统的整体功能实现的基本要素—动力、能力、绩效及其相互作用的研究较少；尤其缺乏针对我国不同地区差异,以及对不同地区城市创新系统的动力、能力和绩效的较全面的综合性研究。针对上述理论和实践的需要以及研究中存在的问题,结合我国创新型城市建设的实践,本文对城市创新系统的动力、能力和绩效进行了较系统、深入的分析和综合性研究,主要完成了以下研究工作：第一,建立城市创新系统的结构模型,完成了对其结构模型研究。首先,在界定城市创新系统定义的基础上,构建了城市创新系统的要素、系统结构模型,针对我国不同地区社会经济发展不均衡的现实,阐明了东部、中西部地区的城市创新系统的特征；其次,构建了城市创新系统及其子系统的功能结构模型,为城市创新系统动力、能力和绩效研究提供了基本的分析框架。第二,建立了城市创新动力系统模型,完成了基于耗散结构理论的城市创新动力系统研究。从城市创新系统的要素结构模型入手,构建了城市创新动力系统的模型,利用耗散结构理论,揭示了城市创新动力系统耗散结构的形成机制和演化机制,提出了不同地区城市创新系统的创新主体动力特征。第三,完成了城市创新系统创新能力的评价。从城市创新系统要素结构模型出发,构建了城市创新系统创新能力评价指标体系,利用主成分分析法和聚类分析法,对2005-2008年我国30个省会城市和直辖市的城市创新能力进行了静态和动态的评价,提出了影响城市创新能力的主要因素,以及我国不同地区城市创新能力的特点。第四,完成了城市创新系统创新绩效的评价。从创新资源的投入和产出入手,利用DEA方法,对2005-2007年我国30个省会城市和直辖市的创新总体效率、纯技术效率、规模效率、饱和性进行评价,从技术、规模和资源配置的有效性等方面揭示了产生创新总体效率非有效的原因,利用差额变量分析法,对19个总体效率非有效的城市创新资源利用率和创新产出的效率进行定量分析,根据定量分析的结果提出了相应的调整方案。第五,综合上述对动力、能力和绩效的研究成果,对东中西部地区城市创新系统的动力、能力和绩效进行了全面、系统的综合性分析,明确了不同地区城市创新系统存在的问题；提出了城市创新能力和创新绩效存在一致性关联和背离性关联的特征；最后针对作者所在西部地区的城市创新系统存在的问题,对西部地区的城市创新系统建设提出了具有可操作性的建议和对策。以上研究工作,形成了一套较为系统有效的城市创新系统动力、能力和绩效研究的理论方法体系,为进一步的深化研究奠定了重要的理论基础。