伴随着全球化与民主化的不断推进,各国政府为应对快速变化的内外部环境的影响,均致力于整合自身资源,提升政府治理绩效。然而,区域化与区域主义的发展,要求地方政府摆脱单一行政区划的限制,寻求地方政府间的跨区域合作治理,以克服区域公共问题的解决之道,克服区域合作的外溢效应。利益是跨区域合作的逻辑起点,利益机制是跨区域合作的核心机制,跨区域合作治理中的利益机制包括利益分配的协商机制、利益争端的调解机制、利益分享及补偿机制、利益共享的保障机制等。然则,利益补偿机制作为跨区域合作治理中利益机制的中心和关键,对于弥补区域合作中的利益不均,促进区域合作的持续发展具有较大的意义,因而对于利益补偿问题的研究具有较大的理论意义及应用价值。本文以地方利益为分析起点,通过对跨区域地方治理中利益补偿的影响因素之分析,主要有三方面即行政区及行政区经济的影响、地方政府绩效评估制度的影响及中央政府的影响作用,进而延伸到跨区域地方治理利益补偿缺失的原因分析,主要有体制层面、政策法规层面、协调组织层面及合作观念层面等四层面,最后着眼于本文的落脚点即跨区域合作治理利益补偿构建的制度框架,主要涵盖四层面的内容,即完善中央及地方间的纵横向利益补偿,构建合理的利益分享机制,完善利益补偿的区域公共政策及建立制度化的利益协调组织,分别从制度、机制、政策及组织四方面对跨区域合作治理利益补偿的制度构建加以完善。