“新三板”市场作为我国的场外交易市场，是专门为高成长的科技型、创新型的中小企业进行股份转让和定向融资的交易平台，是我国多层次资本市场体系的重要组成部分，对于解决科技型中小企业融资难的问题具有重要意义。随着“新三板”市场各项制度的逐渐完善，其融资功能日益显现，投资交易活动也日益活跃。因此，对“新三板”挂牌企业的在融资后的经营绩效的评估也越发重要。本文通过对20家挂牌“新三板”的企业的2007年至2011年17个财务指标的计算，编制出财务指标体系，选出15个财务指标绘制20家挂牌企业的脸谱图。通过脸谱图，对“新三板”企业经营绩效有初步的了解；然后采用因子分析方法计算出2007-2011年的综合得分，并对结果进行统计检验和综合得分排序，对排名靠前和靠后的企业做深入分析；在得到“新三板”企业的经营绩效数据后，采用终极控制权比例衡量股权结构，研究企业经营绩效与股权结构的关系。通过面板数据建模进行动态研究，通过对动态面板模型的协方差分析检验选择模型。检验的结果是，混合效应模型更适合本文的研究。经过实证分析得出如下三点结论：通过脸谱图和因子分析，得到这二十家企业中经营效益表现较好的是中科软和京鹏科技，表现较差的是指南针、华环电子等。用因子分析的得分，终极控制权比例及其平方项为股权结构的代表变量，研究“新三板”挂牌企业股权结构与经营绩效的相互影响。模型的参数检验及模型检验都比较显著，说明“新三板”挂牌企业终极控制权比例对经营绩效的影响还是比较显著的。得到股权结构与经营绩效呈U型关系，当实际控制权比例约为33%时，存在一个转折点，在转折点的两边，股权结构对经营绩效存在“隧道效应”和“利益趋同效应”。根据脸谱分析、因子分析和混合效应模型的实证分析结论，本文最后从三个层面提出政策建议。