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SSR标记是目前被广泛使用的分子标记之一,它具有数量丰富、分布广泛、多态性高、重复性好以及呈共显性等优点。随着大量的基因组被测序、EST被开发以及公共序列数据库的出现,都为SSR标记提供了宝贵的资源。黄瓜属于甜瓜属,是一种具有很高经济价值的蔬菜作物,所以开发黄瓜中可用的EST-SSR标记有非常重要的意义。我们对数据库中的黄瓜EST进行了 SSR位点的搜索、鉴定以及分布特征分析,并开发出新的EST-SSR标记。利用该标记对19份黄瓜材料进行了聚类分析,并对它们进行了初步的价值评估。具体结果如下:1.由黄瓜513,801条EST,组装拼接后得到381,022条无冗余的EST,以重复基序长度1-6bp、最低重复数5次为标准,对其进行搜索后共获得15,665个SSR位点,其发生频率为4.11%,EST含有SSR位点的频率为3.05%;平均194bp就含有SSR位点1个;黄瓜EST-SSR位点占绝对优势的是三核苷酸重复,占整体比例的45.67%,其次是二核苷酸重复和单核苷酸重复,分别占整体比例的28.01%和22.31%;98.56%的EST-SSR位点长度集中在10-30bp范围之内。2.通过Primer3成功设计引物9,145对,随机挑选了 146对引物对19份黄瓜实验材料进行多态性分析,其中有无扩增产物58对;有扩增无多态产物60对;有扩增有多态产物28对,多态率为19.18%。已将这28个多态位点基因定位在黄瓜的染色体上。3.利用NTSYS软件对实验黄瓜材料进行了分析,聚类结果可将该19份黄瓜材料分为2大类型:欧美型和中日型,后者又可分为华南型、华北型以及华南华北混合型。大部分资源因地理来源相同或遗传背景相似而聚在同一类群中,与前人的研究结果相一致,表明新开发的EST-SSR标记可用于遗传多样性分析。4.本实验对28个多态性EST-SSR标记对应的基因进行了初步的功能分析,其中6个属于功能因子,12个与蛋白或酶功能相关,3个与结合及调节修复功能相关,以及7个功能未知。