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一直以来,对蚜蝇亚科昆虫的分类地位不同学者持有不同的分类意见,使得其分类地位较为混乱,影响着对蚜蝇亚科昆虫进一步研究。近年来,不少学者利用分子学方法,探讨蚜蝇亚科昆虫系统分类问题。在我国,蚜蝇亚科研究尚处于传统分类方法鉴定阶段,对蚜蝇亚科分子系统学研究较少。本试验利用DNeasy组织/血液DNA基因组试剂盒提取蚜蝇亚科昆虫5族23属39种和外群管蚜蝇亚科白墨管蚜蝇基因组,采用通用引物PCR扩增COI与28S rRNA基因序列,并对公司测序所得基因序列信息进行比对、分析鉴定其准确性。通过MEGA5.02软件分析蚜蝇亚科COI与28S rRNA基因使用碱基的偏向性,密码子使用频率,以及氨基酸的使用频率。然后,通过MEGA5.02软件,利用NJ、ML与MP方法构建系统进化树。实验结论如下:(1)研究发现COI与28S rRNA基因有A与T碱基偏向性。不同蚜蝇亚科昆虫间,COI基因变异碱基数目所占比重相对较多,28S rRNA基因保守碱基数目较多;蚜蝇亚科昆虫在28S rRNA基因进化上更为保守;(2)蚜蝇亚科昆虫间,COI与28S rRNA基因具有Ile、Leu、Asn、Tyr和Ser氨基酸使用偏向性;(3)通过对COI与28S rRNA基因序列分析,发现两者的试验结果在蚜蝇亚科分子系统进化上较为统一。试验多数结论与传统分类上现有的分类结果保持一致;(4)蚜蝇亚科各个种、属聚类情况,符合现有的分类体系;(5)试验证明缩颜蚜蝇属、长角蚜蝇属、蚜蝇属、优蚜蝇属和细腹蚜蝇属为单系群,而墨蚜蝇族、蚜蝇族为多系群;(6)长角蚜蝇属与蚜蝇族的亲缘关系较近,与现有的分类体系结果一致;(7)本试验支持将墨蚜蝇族与巴蚜蝇族单独分类,且各为一个族;(8)在蚜蝇族中,异蚜蝇属与狭腹蚜蝇属亲缘关系较近,边蚜蝇属与毛蚜蝇属关系较近,鼓额蚜蝇属与刺腿蚜蝇属亲缘关系较近,垂边蚜蝇属与黄斑蚜蝇属关系较近。(9)平背蚜蝇属与蚜蝇亚科聚为一支,且与蚜蝇族关系较近,与蚜蝇亚科的其他族关系较远,可见平背蚜蝇属属于蚜蝇族。平腹垂边蚜蝇与蚜蝇族关系较近,与其他族关系较远,应属于蚜蝇族,与天台垂边蚜蝇的关系有待进一步的验证。