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隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）、毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）、十二指肠贾第虫（Giardia duodenalis）、芽囊原虫（Blastocystis sp.）是重要的人兽共患肠道原虫,其感染宿主广泛,包括人类、哺乳动物、鸟类和爬行动物等。四种肠道原虫主要传播途径为粪口传播,呈世界性流行。人类感染肠道原虫会出现急性或慢性腹泻、恶心、呕吐等临床症状,儿童感染隐孢子虫和贾第虫会导致生长发育迟缓,认知障碍。牛是四种肠道原虫的重要宿主,其携带的人兽共患虫种和基因型可作为传染源威胁人类和其他动物健康,给公共卫生安全留下隐患。为了解黑龙江省龙江和牛四种肠道原虫的流行情况和基因型分布,在黑龙江省四个地区龙江和牛场采集1003份龙江和牛粪便样品,进行四种肠道原虫的分子流行病学调查,并评估其人兽共患风险。基于不同基因位点进行巢氏PCR检测四种肠道原虫,阳性结果经双向测序和序列拼接,然后进行BLAST比对以及种系发育分析,获得如下结果:1.基于隐孢子虫小亚基核糖体RNA（Small Subunit ribosome RNA,SSU r RNA）基因进行巢氏PCR扩增,隐孢子总感染率为1.5%（15/1003）,其中育成牛感染率最高,为2.7%,断奶前犊牛和断奶后犊牛感染率分别为2.1%和1.0%,繁殖母牛未检测到隐孢子虫感染;不同地区中富裕县感染率最高,为3.1%,龙江县感染率最低,为1.0%,肇源县和杜尔伯特县感染率分别为1.2%和1.4%。统计分析表明,不同地区、不同年龄的龙江和牛隐孢子虫感染率差异不显著（P>0.05）。本研究共发现三种隐孢子虫虫种,分别为安氏隐孢子虫（C.andersoni,n=6）、鼠隐孢子虫（C.muris,n=4）和微小隐孢子虫（C.parvum,n=5）。三种隐孢子虫虫种均有感染人的报道。安氏隐孢子虫和微小隐孢子虫存在年龄相关性,即微小隐孢子虫仅在断奶前犊牛体内发现,安氏隐孢子虫仅在育成牛体内检测到。基于gp60基因位点对微小隐孢子虫进行基因亚型鉴定,鉴定为人兽共患亚型IId A20G1。2.基于毕氏肠微孢子虫核糖体内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）序列进行巢氏PCR扩增,毕氏肠微孢子虫总感染率为1.7%（17/1003）,其中断奶前犊牛感染率最高,为2.1%,育成牛感染率最低,为1.2%,断奶后犊牛和繁殖母牛感染率分别为1.6%和2.0%;不同地区中富裕县感染率最高,为2.5%,而龙江县感染率最低,为1.3%,肇源县和杜尔伯特县感染率分别为1.8%和1.7%。统计分析表明,不同地区、不同年龄的龙江和牛毕氏肠微孢子虫感染率差异不显著（P>0.05）。本研究鉴定出四种毕氏肠微孢子虫基因型,分别为BEB4（n=2）、BEB6（n=5）、I（n=3）和J（n=7）。种系发育分析显示,这四种基因型都位于Group2,该组为宿主特异性组,主要感染家畜,本实验发现的BEB4、BEB6、I和J在人体内也被检测到。17个毕氏肠微孢子虫阳性样品基于4个基因位点进行巢氏PCR扩增,然后进行多位点序列分析（multilocus sequence typing,MLST）,分别在MS1、MS3、MS4和MS7位点扩增出7、8、3和7个条带。扩增成功的ITS基因型均为J基因型。本实验仅对扩增出3个位点及以上的6个样品进行序列比对分析,结果显示,4个位点分别有3、3、1和3个亚型,形成了6个多位点基因型（Multilocus Genotypes,MLGs）,展示了J基因型具有丰富的遗传多样性。3.基于十二指肠贾第虫β-贾第素（β-giardin,BG）基因进行巢氏PCR扩增,十二指肠贾第虫总感染率为1.1%（11/1003）,其中育成牛感染率最高,为2.7%,断奶后犊牛感染率为1.3%,断奶前犊牛以及繁殖母牛未检测到贾第虫感染;采样地区中龙江县感染率最高,为1.8%,肇源县和杜尔伯特县感染率分别为0.6%和1.0%,富裕县感染率为0%。统计分析表明,不同地区、不同年龄的龙江和牛十二指肠贾第虫感染率差异不显著（P>0.05）。本实验共鉴定出两种基因型,分别为集聚体A（n=1）和集聚体E（n=10）。4.基于芽囊原虫SSU r RNA基因进行巢氏PCR扩增发现芽囊原虫总感染率为2.1%（21/1003）,其中育成牛芽囊原虫感染率最高,为3.9%,断奶前犊牛和断奶后犊牛感染率分别为2.1%和1.9%,繁殖母牛未检测到芽囊原虫感染;不同地区中肇源县感染率最高,为3.0%,龙江县感染率最低,为1.3%,富裕县和杜尔伯特县感染率分别为2.5%和2.4%。统计分析表明,不同地区、不同年龄的龙江和牛芽囊原虫感染率差异不显著（P>0.05）。本研究共鉴定出三种芽囊原虫亚型,分别为ST10（n=11）、ST12（n=7）和ST14（n=3）。本研究利用分子生物学方法对我国黑龙江省龙江和牛四种肠道原虫的感染情况以及虫种和基因型分布进行了调查,结果显示,黑龙江省龙江和牛的肠道原虫总感染率为6.4%（64/1003）,优势虫种为芽囊原虫（2.1%,21/1003）。本研究首次在黑龙江的牛体内检测到ST12亚型。有9个虫种或基因型可以感染人,具有公共卫生意义。研究结果为黑龙江省四种肠道原虫的防控提供了科学依据。