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南方鲇(Silurus meridionalis)又称大口鲇,隶属于鲇形目(Siluriformes)、鲇科(Siluridae),是我国特有的一种重要经济鱼类。目前关于南方鲇的研究大多集中在繁殖生物学、比较解剖学、生理生态学等方面,而遗传学方面的研究却相对较少,更没有其遗传连锁图谱的相关报道。本研究借助RAD-seq技术,开发了大量的SNP标记并构建了南方鲇高密度遗传连锁图谱,这将为南方鲇数量性状定位、比较基因组、经济性状相关遗传机制的解析、分子标记辅助选育等研究提供有力工具;同时也为进一步从基因组水平上解析鲇形目鱼类生长、发育、繁殖、系统进化、环境适应机制等生物学问题提供重要基础数据。主要研究内容如下:1、本研究以两尾野生南方鲇作为亲本,以其繁殖的100尾子代个体(F1代)作为作图群体,对总共102个个体(父母本各一尾,100尾F1代个体)进行RAD测序。选取EcoRI限制性内切酶对作图群体基因组进行酶切,然后再构建RAD文库及高通量测序,以此来大批量的筛选SNP标记。本研究根据亲本的RAD数据总共筛选出了77,634个高质量的多态SNP位点,其中42,447个SNP来自于碱基间的转换(A/G、C/T),35,187个SNP来自于碱基间的颠换(A/C、A/T、C/G及G/T),其比值为1.2,且A/G的数量最为丰富(27.50%),C/G的数量最少(6.16%)。我们从中随机挑选出22个SNP位点,并在这些位点的两翼进行引物设计,PCR扩增后的产物经Sanger测序来进行基因分型的验证。验证结果显示:所选的22个位点中,有16个位点被成功的验证为SNP位点,验证率为73%,且这16个位点均在2个亲本中被成功验证。所有的亲本的基因型均成功被Sanger测序验证,说明在本研究中所使用的识别SNP位点的生物信息分析过滤标准较好,能过滤掉大部分假阳性位点。2、本研究利用RAD测序技术最终筛选出26,714个SNP标记(其中有效位点为6,715个)构建了一张含29个连锁群的南方鲇高密度遗传连锁图谱。该图谱的总图距为5,918.31 cM,标记间平均图距为0.89 cM;各个连锁群的大小从62.59 cM(LG29)到445.84 cM(LG4)不等,平均每个连锁群的大小为204.08 cM;标记间最大的间距为49.27 cM(LG6),最小的间距为0.01 cM;各个连锁群标记间的平均距离的变化范围为:0.44~1.77 cM;LG24的标记密度是最高的,它含有235个标记。通过计算得到南方鲇遗传连锁图谱预期长度(Ge)为5969.02cM;图谱覆盖度为99.15%。该遗传图谱为进一步解析鲇形目鱼类生长、发育、繁殖、系统进化、环境适应机制等生物学问题提供了重要基础数据。3、以标记间距离>0.3 cM为过滤条件,从作图的26,714个SNP标记中筛选出3772个标记,并把这些标记的基因分型文件作为JoinMap 4.0的输入文件再次对南方鲇的遗传图谱进行构建,来验证之前用Lep-Map所构遗传图谱的正确性。我们得到:1)在使用相同标记的情况下,两种方法构建的遗传图谱划分的连锁群数目相同(n=29);2)所有连锁群上的标记在两种遗传图谱中连锁群上的分布都是一一对应的,但是在对应连锁群上标记的位置变化较大;3)这两种图谱的图距存在着较大的差异,这可能是由于我们在使用JoinMap 4.0作图时,只挑选了Lep-Map构建的遗传图谱中的部分标记的原因。综上所述,尽管Lep-Map构建的南方鲇遗传图谱与JoinMap 4.0构建的南方鲇遗传图谱在某些方面存在不同,但是总的来说它们之间有许多相互印证的地方。因此,我们认为本研究所构建的南方鲇遗传图谱是可信的。