我国农民专业合作社自2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布后快速发展。截至2014年7月底，我国共有119.29万家农民专业合作社。在数量快速增长的同时，我国农民专业合作社却面临着纵向一体化水平不高的问题。2011年年底，我国实行产加销一体化的农民专业合作社数26.6万家，占合作社总数的52.3％。2012年年底，我国提供产加销一体化服务的农民专业合作社数33.05万家，占比52.16％，比上年反而下降0.14％。而美国农业合作社加工的农产品占到全国农产品总量的80％，可见我国纵向一体化水平尚待提高。2012年中央一号文件提出“支持农民专业合作社兴办农产品加工企业或参股龙头企业”。2014年中央一号文件指出，要“落实和完善相关税收优惠政策，支持农民专业合作社发展农产品加工流通”，显示了我国政府加快农业经营方式转变的坚定决心。　　为了找寻我国农民专业合作社纵向一体化水平不高的原因，并为其提供有效的政策启示，本文基于交易费用经济学理论，运用“状态——结构——行为——绩效(SSCP)”分析框架，使用计量经济学的数理建模、探索性因子分析、假设检验、描述统计等实证研究方法，具体地测量新制度经济学交易属性指标决定的环境状态因素对我国农民专业合作社纵向一体化的影响，并进一步验证纵向一体化对合作社及社员家庭经济绩效的影响作用。之后研究从事不同产品生产的合作社适宜的一体化发展模式，最终从国家政策层面、合作社自身层面和社会整体环境层面，提出对我国农民专业合作社提升纵向一体化水平的政策启示。　　本文共七章，章节的安排概述如下:　　第一章，绪论。在阐述研究背景的基础上提出本文的研究问题、研究目的和意义，对本研究的关键概念进行界定，同时介绍研究总体结构框架和实证研究范式技术路线。　　第二章，理论基础与文献述评。本章是全文的理论基础，在对合作社经典理论及其新发展进行述评的基础上，回顾交易费用经济学的基本原理，最后着聚焦于合作社纵向一体化的相关研究，为实证分析和结果解释提供理论支撑。　　第三章，中国农民专业合作社纵向一体化经营的历史沿革——以样本合作社所在省份为例。以样本合作社所在的黑龙江省、四川省、浙江省为例，回顾中国农民专业合作社纵向一体化发展历程。样本省份的农业生产都有代表性和典型性，通过回顾样本省份合作社的发展历程，可以找到当前各省合作社表现出不同特色的历史渊源，并掌握各省的具体情况以便进一步分析。　　第四章，中国农民专业合作社纵向一体化经营的影响因素。本章先将资产专用性和不确定性这两个交易属性用具体的指标表示出来，再建立两个Logistic模型以分别测量资产专用性和不确定性对合作社纵向一体化的影响及影响的边际效应和模型的预测准确性，进而找到我国农民专业合作社纵向一体化水平不高的实践和政策原因。本节得出的主要结论是体现物质资产专用性的专用设备，体现品牌资产专用性的注册商标，体现场地专用性的最远营销范围、初级市场、地形特征和体现人力资本专用性成员规模和社长年龄以及“自然不确定性”对农民专业合作社纵向一体化经营水平存在统计学意义上的显著影响。　　第五章，纵向一体化对中国农民专业合作社经济绩效的影响测评。本章建立两个线性模型，分别测量合作社纵向一体化对合作社纯盈余增长的作用和社员参与合作社纵向一体化对家庭纯盈余增长的作用，旨在验证新制度经济学关于纵向一体化对交易费用的节约作用理论，得出的主要结论是成立年限、注册资本和纵向一体化水平对农民专业合作社的纯盈余额增长具有显著正向影响，合作社成员经营产品种类和参与合作社纵向一体化经营水平对成员纯盈余增长额具有显著正向影响的主要结论，最后提出我国农民专业合作社应该通过大力推进纵向一体化获得经济绩效的增长，同时合作社社员应该将积极参与合作社的纵向一体化中，才能获得持续稳定的收益增长等政策启示。　　第六章，基于产品特性的中国农民专业合作社纵向一体化经营发展模式。该章通过梳理产品特性在前文实证研究中得出的对合作社纵向一体化影响的结论后，迸一步提出从事不同产品生产的农民专业合作社提升纵向一体化应依托不同发展模式的观点，认为粮食合作社适合发展“政府扶持型”模式，果蔬合作社适合发展“农户联合型”模式，而畜禽合作社适合发展“企业带动型”模式。　　第七章，结论与政策启示。该章从政府政策层面、合作社自身层面和社会整体环境层面，提出对我国农民专业合作社提升纵向一体化水平的政策启示。