纵观行政机关负责人出庭应诉制度的整个发展历程,从20世纪90年代初的全国第一案至今已经经过二十多年,制度从无到有、从浅至深,制度有其深厚的理论基础和不可替代的实践价值,为削减行政开支,促进政府依法行政,推动法治政府建设起到了关键作用。目前,我国从中央到各级政府均根据地区实际出台相应政策,为行政机关负责人的出庭应诉提供制度保障。制度在实施过程中不断地涌现具有典型示范意义的先进案例,形成各具特色的示范现象。从全国首个副省级负责人出庭,到首个中央部级单位负责人参与诉讼;从“海安样本”到“南通现象”,制度在扎实稳步的推进,且初见成效。但是,在繁荣景象的背后,依然存在负面消息。全国各地机关负责人出庭应诉率分布明显不均,出庭率虽高但实际效果不好,部分出庭人的庭上表现依然欠佳等等。这些负面现象的存在让我们不得不思考,制度的出台与落实中究竟存在哪些问题,对于法院、律师、行政机关、行政相对人等实务各方究竟有何意义,在学术界是否可以真正的让制度站得住脚。这些问题的解决对于整个制度的进一步落实,制度效果的更好实现起着关键性作用。虽然我国《行政诉讼法》最新出台司法解释,专章回应了行政机关负责人出庭应诉的实务性问题,各地也在上位法出台后更新本地相关规范。但是制度规范中仍然存在空白和漏洞,对于行政机关负责人出庭的行为规范、监督考核、责任追究等方面都尚需完善。行政机关负责人出庭应诉制度作为具有中国特色的一项制度,对于缓解一直以来的官民矛盾有着极其重大的理论和实践意义,因此,我们应当下大力气进行制度的全面梳理和整合,填补漏洞,完善体制,为制度的落实打下坚实基础。