根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》(以下简称建设工程司法解释(一))第二十一条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释(二)(以下简称建设工程司法解释(二))第一条及第九条的规定,当事人就同一建设工程另行订立的与中标备案合同实质性内容不一致的,以备案合同为结算依据。该条款在适用中存在着诸多问题,如缺乏可适用的认定标准及指导性的事实认定指引,此外实践中当事人对中标备案合同内容进行变更的形式多种多样,且极易与“黑白合同”混淆,上述事实均增加了当前中标备案合同实质性变更认定的困难。建设工程司法解释(一)第二十一条、建设工程司法解释(二)第一条及第九条避开当事人另行订立的与中标备案合同实质性内容不一致的协议的效力认定问题,直接规定以备案合同为工程的结算依据。该规定虽然强化了对建设施工招投标合同的备案管理,简化了建设工程合同纠纷解决的程序,但其也存在违反合同效力认定规则、违背诚实信用原则、干预民事活动意思自治的嫌疑。此外,在建设施工备案合同变更的实务认定方面,还存在缺乏认定标准、非强制性招标项目但当事人履行了招投标程序情形下的效力、不完整的备案合同之效力及其补充合同内容之确认、实质性变更前后合同内容冲突情形下的合同效力、备案合同无效情形下的合同内容确认、未能合理运用情势变更原则等问题。中标备案合同实质性变更的认定并不是简单的将两个合同文本进行比对,而是一个价值评价的过程,该评价过程不仅涉及到对公共利益的评价,还涉及到对当事人之间的权利义务是否严重失衡的评价,由于公共利益、显失公平属于高度概括的术语,并无具体的认定标准,这就造成了司法实践中实质性变更认定的困难。通过对相关案例进行分析,可以发现建设施工备案合同实质性变更的认定主要分为实质性内容及变更幅度两个方面,其中实质性内容主要包括工程范围、工程价款、工程质量、工程期限等,对于变更幅度,法院的裁判标准差异较大,主要依赖于法院的自由裁量权,并没有确定的标准。司法实践中常见的情形主要为备案合同签订于实际履行的合同之后、原材料价格变动、设计变更导致的工程价款调整、总工期范围内补充部分项目的工期及延期责任、对备案合同的结算价款进行较小幅度的调整等。对于备案建设施工合同实质性变更认定路径的完善,无论是立法,还是司法均应尊重当事人的意思自治、注重实质公平、公正、遵循利益衡平的基本理念。相较建设工程司法解释(一)第二十一条的规定,建设工程司法解释(二)进一步明确了中标备案合同的实质性内容,将工程范围、建设工期、工程价款、工程质量明确纳入其中,但对于违约条款、争议解决条款等没有明确规定此外,对于实质性变更的认定,建设工程司法解释二的征求意见稿规定了认定的原则,但最终公布时删掉了该条款。笔者认为,对于中标建设施工合同实质性变更的判断应从多角度考虑,结合建设工程的履行特点,运用利益衡量的方法,从合同当事人的基础权益、第三人的利益、社会公共利益的角度进行判定,若另行订立的合同对以上任何一方面的利益造成了严重侵害,便可以认定为构成实质性变更;对于实质性变更的幅度认定,应明确对实质性变更的把握应立足于诚实信用原则,并注重各利益主体之间的利益平衡。具体而言,笔者认为实践中实质性变更的认定以违反效力性规范为依据、备案合同冲突条款的补充协议应从严认定、工程变更的补充协议应参照适用中标备案合同、建设工程分期施工补充协议不属于实质性变更等。