当今，中国高等职业教育蓬勃发展，是中国高等教育发展不可替代的半壁江山。为了有效提升管理效能和质量、增强办学活力、提高办学效益，越来越多的高职院校借鉴普通高等院校的学院制管理模式，全面推行校、院（系）二级管理。但是，由于我国高职院校起步晚、底子差，推行内部管理体制改革始于近十年，处于摸索阶段，各方面仍不成熟，在二级管理运行过程中存在权力分配体系失衡，组织结构有待完善，部门间协作、沟通不畅等问题。本文借助现代管理学理论，从分析高职院校二级管理面临的问题入手，对于高职院校二级管理出现问题的原因进行了深入的剖析，结合内蒙古建筑职业技术学院二级管理现状，提出了高职院校实施二级管理的对策建议，以便于高职院校通过构建与实施有效的二级管理模式，合理配置学校的教育教学资源，提高管理效能和人才培养质量，最大限度的提升学校的办学效益。