基于SLAF-seq定位小麦粒重相关QTL及1B染色体粒重QTL的精细定位

来源 :安徽农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lzliang
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小麦是全世界主要粮食作物之一,高产一直是小麦育种的重要目标。千粒重是产量构成的三要素之一,明确千粒重、粒长和粒宽QTL在染色体上的位置及遗传效应,有助于加快小麦高产分子聚合育种进程。本研究以京411/红芒春21重组自交系(RIL,163个家系)群体为试验材料,利用SLAF-seq技术构建高密度遗传连锁图谱,同时利用小麦660K SNP芯片扫描两个亲本及高低池,并结合多年的千粒重、粒长和粒宽表型数据进行QTL定位,基于目标区段内差异的SNP信息开发CAPS标记进行QTL精细定位。主要结果如下:1.构建了覆盖小麦21条染色体的SLAF高密度遗传连锁图谱,该图谱共包含6763个多态性SLAF标记,总图距为1233.91c M,标记间的平均遗传距离为0.18c M。2.共检测到5个千粒重相关的QTL,分布在染色体1B、2A、3B、4B和7A上,能解释4.22%-19.55%的表型变异,其中位于1B和2A染色体上的QTL在至少6年环境中都能被检测到,且分别位于SLAF标记区间Marker24473338-Marker23668938和Marker19034760-Marker18681956,对应的物理位置分别为647Mb-675Mb和40Mb-62Mb;检测到3个粒长相关QTL,分别位于1B、2A和4B染色体,表型变异解释率为6.76%-19.60%,物理区间分别为647Mb-675Mb、40Mb-62Mb和638Mb-643Mb;定位到1个粒宽相关QTL,位于2A染色体,表型解释率为12.58%-26.68%,物理位置为40Mb-62Mb。3.对1B染色体的主效QTL继续进行精细定位,在目标区段Marker24473338-Marker23668938内开发了3个CAPS标记,其中,在CAPS标记JHMfe I和Marker24708085区间(约320kb)存在一个稳定QTL,可解释5.70-16.11%的表型变异。进一步利用京411/红芒春21连锁群体和369份小麦品种组成的自然群体进行有效性验证,结果显示,携带等位类型JHMfe I-a的品种(系)的平均千粒重、粒长、粒宽均显著高于携带等位类型JHMfe I-b的品种,且差异均达到极显著水平,说明新开发的CAPS标记可以高效用于小麦高产分子聚合育种,同时也为候选基因的克隆提供重要信息。4.预测1B染色体主效QTL区间(JHMfe I-Marker24708085)共存在7个基因:Traes CS1B01G722100LC编码二氢吡啶二羧酸合酶;Traes CS1B01G722200LC编码BTB/TAZ结构域蛋白4;Traes CS1B01G722300LC编码ω-6脂肪酸去饱和酶和内质网同工酶2;Traes CS1B01G722400LC编码F-box/类RNI超家族蛋白;Traes CS1B01G722500LC编码THO复合物4蛋白;Traes CS1B01G722600LC编码CACTA转座子;Traes CS1B01G425700编码泛素蛋白。其中Traes CS1B01G722200LC、Traes CS1B01G722400LC和Traes CS1B01G425700所编码的蛋白都参与泛素蛋白酶体途径,很可能作为候选基因参与粒重的形成。
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