社会学的结构功能主义与系统论都起源于与生物有机体的类比。在贝塔朗菲和功能主义的代表人物，如孔德、斯宾塞、迪尔凯姆、马林诺夫斯基，布朗等学者的理论中都可看到生物有机体理论的影子，甚至可以看到大量生物学术语的借用。社会学中的结构功能主义(又称社会系统理论)与系统科学和系统哲学有着基础上同胚，形式上同态和内容上同构的联系。费孝通是社会学的功能学派的代表人物之一。基于此，本文尝试性地剖析了其系统思想。费孝通的学术历程起于1930年代，经历了各重要历史时期。到目前为止，其发表的论著已达500万字以上。费氏的系统思想萌芽于他受到的医学生物学训练和清华大学教授史禄国(S．M．Shirokogorov)对他的影响，形成于1930和1940年代的学术研究活动中。改革开放后，他通过一系列的反思，又使学术体系中的系统思想得到升华。本文首次将费孝通与贝塔朗菲和费孝通与钱学森的系统思想的几个方面分别进行了对照和比较。本文具体分析了费氏的社会系统观，总的来说就是强调社会系统的整体性、复杂性和主体的适应性，重视社会系统中子系统的功能以及社会系统中的时空因素。由此出发，文章强调他看到社会系统内的等级结构，利用层级推进的方法研究中国社会。在社会运行方面，他是社会系统均衡态理论传统的延拓者。社会系统均衡态理论与自组织理论有着对应关系。文章以自组织理论为依据，分析了费氏理论中自然生态系统，人文生态系统，人类文化系统三大子系统的自组织机制。城与乡，工业文明与农业文明的对立与统一是费氏社会系统变迁理论中的一个重要组成部分。这种对立与统一是近一百多年来中国社会系统现代化演进的复杂性的主要内容。本文以社会系统演进的复杂性一般原理为基础，对费孝通有关这一方面的理论作出了解释。最后文章运用科技哲学和科学社会学的观点对费孝通的理论体系缺乏对科技的社会功能重视这一问题所出评价，并分析了其成因。