如今,随着时代的不断进步,市场经济的不断发展,一个企业想要实现可持续发展和获取高额回报的关键在于企业是否具有核心竞争力,因此提高企业竞争力变得越来越重要。企业发展核心竞争力的焦点聚集于创新。近年来,创新驱动发展的理念深入人心,企业要牢牢把握时代气息,紧跟时代步伐,深化技术创新,抓住发展机遇,攻坚克难,奋力而为,在激烈的市场竞争中实现创新发展。创新是一个国家提升国际竞争力的重要手段,唯有不断地创新,我国才能缩短与发达国家的差距。高新技术企业是创新的重要载体,行业迥异,创新不同,而医药行业作为典型的高科技行业之一,如何有效提升医药行业的创新能力,提高企业绩效,保持企业持续发展,就变得很重要。因此,本文对创新能力与企业绩效的关系进行研究。本文首先阐述了国内外的研究现状,并在此基础上界定了创新能力的概念和分类,然后以医药行业为研究对象,选取53家医药行业上市公司作为研究样本,采用文献分析与实证研究的方法,对医药行业的财务绩效和创新能力之间的关系进行了系统研究。在研究过程中,选取技术、管理、制度、营销四个维度的创新能力要素,选取了11个具体的创新能力指标,以此作为自变量,选择了医药行业上市公司2013年-2017年五年盈利能力、偿债能力、营运能力、发展能力四个方面的15个财务指标,先采用因子分析方法将15个绩效指标构建成了一个财务绩效综合指标,以其作为因变量,然后运用多元线性回归分析方法阐述了创新能力与财务绩效之间的关系。研究结果表明:不同创新能力指标对企业财务绩效有正负、强弱的影响效果。本文最后以实证研究结果为切入点,提出了基于创新能力的提升企业财务绩效的对策,为医药行业健康稳定的发展进行了有价值的探讨。