珠三角地区自改革开放以来，逐渐发展成为我国外向度最高的经济区域和对外开放的重要窗口。香港、澳门主权回归之后，粤港澳之间的联系越来越密切，由于粤港澳三地之间的水运条件较好，因此，水路运输承担了粤港澳之间经济往来、旅客和货物贸易服务工作，为繁荣三地经济发挥了不可或缺的作用，加快水路运输发展已经上升为国家战略和综合交通运输体系建设的战略重点。特别是《广东省综合交通运输体系发展“十二五”规划》的颁布，既为全面推进粤港澳水路运输建设提供了难得的机遇，也对粤港澳水路运输提出了新的更高的要求。因此，本文以粤港澳水路运输行政管理体制改革为研究对象，对于响应广东省综合交通运输体系发展“十二五”规划，进一步完善粤港澳水路运输行政管理体制具有重要意义。文章运用文献研究法、规范研究法和实证研究法，以制度变迁理论为研究视角对粤港澳水路运输行政管理体制进行研究。首先以制度变迁的视角，从粤港澳水路运输行政管理的组织体制、权责关系、运行机制三个方面全面解析其变迁过程，继而深入分析粤港澳水路运输行政管理体制存在的问题，主要有：内地与港澳水路运输管理立法滞后；中央与广东省交通运输主管部门权责划分不合理；粤港澳水路运输行政管理运行机制不畅等。并剖析其原因，主要是我国“一国两制”的特殊政治背景、制度变迁的路径依赖以及行政管理观念、方式转变滞后所造成。最后，提出完善粤港澳水路运输行政管理体制的对策思考，即应该从健全法律法规体系、优化中央与广东省交通主管部门权责配置、完善粤港澳水路运输行政管理运行机制着手，从管理制度上保障广东与港澳的正常运输和交流合作，从政府行政管理宏观角度把握水路运输市场变化与发展，提高水路运输资源合理配置效率，促进粤港澳水路运输的可持续发展。