目前，我国专利权的有效性问题由专利无效宣告程序承担。行政机关对专利权是否有效作出决定后，当事人可依据行政诉讼程序对决定的效力提出质疑，导致循环诉讼。同时，专利权是否有效是专利民事侵权纠纷案件侵权判断的前提，而法院不能在民事侵权案件审理中对专利权有效性进行审查，也不能直接对被告提出的专利权无效抗辩作出裁决，导致专利侵权维权周期长、保护不力。因此，完善我国专利权有效性判断程序是我国《专利法》的修法重点。
　　专利权有效性判断程序的价值在于纠正错误授权，不仅仅是被控侵权人侵权抗辩的工具，还是社会对专利授权是否合法的公共监督程序。目前，学界并未形成相对一致的改革方案。一方面，在现行框架下，通过减少审级、赋予法院司法变更权的方式进行改革；亦或专利无效诉讼适用民事诉讼法审理；但改革的效果与风险并存。另一方面，引入“无效抗辩”，但打破“行政/司法”职权划分，不可行且不可取。司法实践中，最高院知识产权法庭尝试“专利行政民事案件合并审理”，旨在推动行政程序与民事程序的衔接。但这一改革目前仅适用于二审程序，并需要双方当事人均认为行政确权、民事侵权一审程序未对权利要求进行正确界定，该方案并不能彻底解决专利权有效性判断的程序问题。通过域外考察，美国正逐渐加大行政程序在专利权有效性判断问题上的权重，且程序种类丰富；日本引入“无效抗辩”，实现民事程序对专利权有效性判断的突破；德国坚守职权主义，严格实行“单轨制”。因此，丰富专利权有效性判断的手段，加强行政程序与民事程序的有效衔接是专利权有效性判断程序改革的方向。
　　行政程序的优化及实现行政程序与民事程序的衔接可以有效解决现存问题。具言之，增加专利异议和专利撤销程序，建立各程序之间的衔接机制；允许专利复审委员会依职权审查专利权有效性，但需从审查理由、证据规则等方面加以限制；积极探索专利行政民事案件合并审理路径，细化规则，实现裁判标准统一。