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弓形虫(Toxoplasma gondii)是一种能寄生于几乎所有恒温动物和人的有核细胞内、引起危害严重的人畜共患弓形虫病的机会致病性原虫。该病呈全球范围流行，全世界约有1/3的人感染，严重危害人类健康。
本论文的第一部分通过Solexa深度测序对5个不同基因型弓形虫虫株速殖子的microRNAs表达谱进行研究，预测不同虫株表达的新microRNAs。测序获得了18603025(C7)、18116991(PRU)、15339148(QHO)、14019376(RH)和17478817(XD)高质量reads，并与弓形虫的基因组进行比对，得到未注释的microRNAs。通过新microRNAs预测，弓形虫4个虫株分别获得3个(C7)、26个(PRU)、22个(QHO)和1个(RH)新的microRNAs，而在XD株中未发现新的microRNAs。通过差异分析，有49个microRNAs在5个虫株中均有表达，并且表达量最为丰富的microRNAs为let-7，其次为miR-30。在microRNAs各位点碱基偏向性的分析中，U在5个虫株中均为最常使用碱基。弓形虫C7、PRU、RH和QHO虫株的microRNAs在序列的头端和末端主要是U，弓形虫XD株的microRNAs在序列的头段和末端分别主要是G和A。
本研究的第二部分对不同基因型的4个弓形虫虫株速殖子的蛋白质组进行了荧光差异双向凝胶电泳(2D DIGE)分离，通过对凝胶图像分析，每块凝胶至少检测到2500个蛋白点，选择了110个显著上调或显著下调大于1.5倍以上的差异表达蛋白点，用基质辅助激光解析离子吸附飞行时间串联质谱(MALDI-TOF MS/MS)法进行质谱鉴定，将获得的质谱数据与弓形虫数据库和NCBInr数据库搜索查询，成功鉴定出99个显著差异蛋白点，属于57种蛋白质，包括热休克蛋白、己糖激酶、冠蛋白、蛋白磷酸酶2C、蛋白激酶C受体、肌动蛋白、联接蛋白、丙酮酸激酶、GRA5、GRA6、SAG2、MIC1、棒状体激酶家族蛋白和p36蛋白等。
本研究的第三部分应用双向电泳(2-DE)技术结合MALDI-TOF MS/MS串联质谱技术对弓形虫基因Ⅰ型强毒株RH株速殖子感染和未感染小鼠24h后的巨噬细胞进行了蛋白质组比较。结果显示，每块凝胶至少检测到2500个蛋白点，其中显著差异表达蛋白点有108个，选择60个显著上调或下调的差异表达蛋白点进行质谱鉴定，成功鉴定出52个蛋白点，属于38种特定蛋白，包括肌动蛋白、膜联蛋白、波形蛋白、烯醇化酶、精氨酸酶、组织蛋白酶S、氨基酰化酶1和β-葡萄糖醛酸苷酶等。利用Uniprot Knowledgebase(Swiss-Prot/TrEMBL)和Gene Ontology database对鉴定成功的蛋白质从生物学过程、细胞组成和分子功能三方面进行功能和定位分析，这些结果对于了解弓形虫和宿主巨噬细胞之间的相互关系奠定了基础，并且有助于阐明弓形虫致病的分子机制。
本研究的第四部分应用弓形虫基因Ⅱ型PRU包囊株感染SPF级昆明鼠，在感染后第7d、14d和21d取小鼠脑组织，同时取正常小鼠的脑组织作为对照。运用IEF和SDS-PAGE技术对蛋白样品进行蛋白质组分离，凝胶扫描图像，利用ImageMasterTM2D Platinum5.0软件进行分析，选择表达水平相差在1.5倍以上的蛋白点为显著差异表达蛋白点。结果显示，每块凝胶至少检测到2500个蛋白点，选择60个显著上调或下调的差异蛋白点用MALDI-TOF MS/MS串联质谱进行分析鉴定和数据库搜索，结果60个差异表达蛋白点中成功鉴定出56个蛋白点，属于46种特定蛋白，包括核纤层蛋白B1、丝氨酸蛋白酶抑制剂、细胞色素b5、抑制素蛋白、内质蛋白、钙网织蛋白、载脂蛋白E、α-微管蛋白和β-微管蛋白等，并利用Uniprot Knowledgebase和GeneOntology database对鉴定成功的蛋白质进行功能预测，这些结果有助于解弓形虫和宿主之间的相互关系，并且也为阐明弓形虫包囊感染致病的分子机制奠定了基础。
综上所述，应用Solexa高通量测序技术，本论文首次研究了不同基因型弓形虫虫株速殖子的microRNAs表达谱，获得了一系列差异表达的microRNAs，预测了不同虫株各自新的microRNAs。应用2D DIGE技术结合MALDI-TOF MS/MS串联质谱技术，研究了不同基因型弓形虫虫株速殖子蛋白质组的差异，发现了一系列差异表达蛋白质；应用2-DE和MALDI-TOF MS/MS技术，对宿主感染弓形虫后的巨噬细胞和脑组织的蛋白质组进行了差异比较，发现了大量的差异表达蛋白质。本项研究成果有助于了解弓形虫和宿主巨噬细胞以及脑组织之间的相互作用，为阐明弓形虫感染与致病的分子机制奠定了基础，可能为弓形虫病的免疫预防和药物防治提供新的候选分子和药物作用靶点。