基因组的遗传变异是按照LD(连锁不平衡)的模式组织形成。一般认为基因内的LD强度要显著地高于基因间隔区域的LD强度，然而在更加精细的基因结构、基因功能分类和基因的表达模式上，目前尚没有对LD的分布进行系统地研究。这里，我们利用国际HapMap工程产生的单体型数据构建出一个强、弱LD区间的分析平台，然后将感兴趣的序列特征映射到此平台上。基因分类的结果表明：涉及到免疫反应、防御机制和信号传导的基因倾向位于弱LD的区域内；而与DNA和RNA代谢、蛋白组装相关的基因富含于强LD区域内。我们进一步对基因表达模式进行分析，发现弱LD的基因比强LD的基因有更高的表达量和更窄的表达谱。具体比较每个组织时，我们发现在免疫细胞株、扁桃体、垂体和苍白球等组织中，弱LD基因有较高的表达量；相反在内皮层细胞株、杏仁核和下丘脑等组织中强LD基因的表达量占优势。基因的分类和表达分析的结果暗示出：强烈的负选择作用于强LD的基因阻止高频的重组事件破坏基因的保守性；适应性选择的效应可能驱动弱LD基因发生一定的交叉重组从而保证基因的遗传多样性。此外，通过比较基因内部的结构，我们发现CDS和3’UTR的平均LD强度要明显地高于5’UTR、基因上游和基因下游的平均LD强度，该结果与前两者有更强的序列保守性是基本一致的。本工作有利于更加深入地理解基因内LD的结构模式，为研究自然选择如何影响LD的分布提供一定的指导。