【摘 要】
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基因组的遗传变异是按照LD(连锁不平衡)的模式组织形成。一般认为基因内的LD强度要显著地高于基因间隔区域的LD强度,然而在更加精细的基因结构、基因功能分类和基因的表达模式
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基因组的遗传变异是按照LD(连锁不平衡)的模式组织形成。一般认为基因内的LD强度要显著地高于基因间隔区域的LD强度,然而在更加精细的基因结构、基因功能分类和基因的表达模式上,目前尚没有对LD的分布进行系统地研究。这里,我们利用国际HapMap工程产生的单体型数据构建出一个强、弱LD区间的分析平台,然后将感兴趣的序列特征映射到此平台上。基因分类的结果表明:涉及到免疫反应、防御机制和信号传导的基因倾向位于弱LD的区域内;而与DNA和RNA代谢、蛋白组装相关的基因富含于强LD区域内。我们进一步对基因表达模式进行分析,发现弱LD的基因比强LD的基因有更高的表达量和更窄的表达谱。具体比较每个组织时,我们发现在免疫细胞株、扁桃体、垂体和苍白球等组织中,弱LD基因有较高的表达量;相反在内皮层细胞株、杏仁核和下丘脑等组织中强LD基因的表达量占优势。基因的分类和表达分析的结果暗示出:强烈的负选择作用于强LD的基因阻止高频的重组事件破坏基因的保守性;适应性选择的效应可能驱动弱LD基因发生一定的交叉重组从而保证基因的遗传多样性。此外,通过比较基因内部的结构,我们发现CDS和3’UTR的平均LD强度要明显地高于5’UTR、基因上游和基因下游的平均LD强度,该结果与前两者有更强的序列保守性是基本一致的。本工作有利于更加深入地理解基因内LD的结构模式,为研究自然选择如何影响LD的分布提供一定的指导。
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