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有机分子在金属表面吸附体系的研究对我们认识物理、化学、生物等诸多过程都有非常重要的意义。而且，这也是一种“从下而上”构建新的人造结构和功能器件的重要途径。在本论文中，我们利用超高真空低温扫描隧道显微镜研究了吸附于Au(111)表面的TPPZ分子的自组装结构。 第一章作为本论文所有研究工作的基础。在这一章中，我们系统介绍扫描隧道显微镜的基本工作原理以及扫描隧道显微学的基本理论，并且详细介绍本论文实验工作所用到的低温超高真空扫描隧道显微镜系统。 第二章是本论文的研究背景。在这一章中，我们举例介绍扫描隧道显微镜在金属表面有机分子吸附体系上的应用，让我们对这一体系有个整体的认识。 第三章是本论文的研究工作。在这一章中，我们利用超高真空低温扫描隧道显微镜系统地研究2，3，5，6-Tetra(2-pyridyl)pyrazine分子在Au(111)表面的自组装行为。在实验中我们发现该分子在不同覆盖度下呈现不同的组装结构。120K温度下该分子优先吸附在台阶边缘;随着分子覆盖度的增加，分子由无序的具有手性的三聚体结构逐渐过渡到有序的带状结构或者蜂巢结构;分子覆盖度达到一个单层时会形成三分子短链密排结构。带状结构和三分子短链密排结构在经过380K-410 K温度退火后都会转化成蜂巢结构。通过高分辨的STM图像和基于第一性原理的理论计算我们给出了几种主要组装结构的分子模型。